ปลายปีการศึกษา 2537 พระราชนันทาจารย์เจ้าอาวาสวัดเวตวันธรรมาวาส บริจาคที่ดินจำนวน 5 ไร่ ซึ่งตั้งอยู่บนถนนประชาชื่น ซอยสะพาน99 ริมคลองเปรมประชากรให้สร้างโรงเรียนมัธยมศึกษาโดยให้ นายชลอ บุญก่อ โรงเรียนนนทรีวิทยา ทำหน้าที่เลขานุการ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการ (ดร.โกวิทวรพิพัฒน์)

ใขณะนั้นเป็นผู้ประสานงานและเปิดดำเนินการเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสาขาโรงเรียนสามเสนวิทยาลัย ในปีการศึกษา 2538 รับนักเรียนชั้น ม.1 รุ่นแรกโดยใช้อาคารฝึกอบรมครูหน่วยศึกษานิเทศก์ เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียนชั่วคราว แต่ที่ดินดังกล่าวนั้น ต้องร่วมมือกับกองสลากฯ จ่ายค่าขนย้ายให้ชาวบ้านในชุมชนสลัมซึ่ง ที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน เป็นจำนวนเงินหลายแสนฯพณฯ สุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ประกาศแต่ตั้งโรงเรียนอย่างเป็นทางการตามคำสั่งของกระทรวงศึกษาธิการ ในวันที่ 30 เมษายน 2539 และโรงเรียนยังได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวให้ใช้ชื่ออาคารเรียนพิเศษว่า อาคารเฉลิมพระเกียรติปีกาญจนาภิเษกพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พร้อมทั้งให้เชิญตราสัญลักษณ์ งานฉลองศิริราชสมบัติ 50 ปีประดิษฐ์ที่สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เสด็จวางศิลาฤกษ์อาคารดังกล่าว ในวันที่ 21 พฤศจิกายน 2539

- ในปี พ.ศ. 2540 ได้รับมอบที่ดินจาก พระราชนันทาจารย์ องค์อุปถัมภ์โรงเรียน ได้มอบที่ดินส่วนตัวเพื่อแก้ปัญหาการจราจรที่เกิดขึ้นในอนาคต เพิ่มอีก 197 ตารางวา

- ในปี พ.ศ. 2541 โรงเรียนได้รับงบประมาณสนับสนุนจาก สำนักงานสลากกินแบ่งรัฐบาล จำนวนเงิน 12,000,000 บาท(สิบสองล้านบาทถ้วน) เพื่อก่อสร้างอาคารกาญจนาภิเษก ใช้เป็นอาคารห้องสมุด และห้องพยาบาล

- ปีการศึกษา 2543 พระราชนันทาจารย์ ได้มอบที่ดินเพิ่มเติมอีก 13 ตารางวา

- ปีการศึกษา 2547 โรงเรียนได้งบประมาณก่อสร้างอาคารเอนกประสงค์ 5 ชั้น จำนวน 30,000,000 บาท (สามสิบล้านบาทถ้วน) พระราชนันทาจารย์ องค์อุปถัมภ์โรงเรียน วางศิลาฤกษ์อาคารเอนกประสงค์ 5 ชั้น และมณฑปหลวงพ่อสัมฤทธิ์ พระพุทธรูปประจำโรงเรียน วันที่ 23 มิถุนายน 2547

- วันที่ 29 ตุลาคม 2547 สำนักสลากกินแบ่งรัฐบาล สนับสนุนเงินจำนวน 30,000,000 บาท โดย คณะกรรมการพิจารณาโครงการเพื่อสาธารณประโยชน์ จากรายได้โดยออกสลากพิเศษ กรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง ส่งมอบเช็คธนาคารกรุงไทยจำกัด(มหาชน) สาขาย่อยกระทรวงการคลัง เลขที่ CH.X 2894533 ลงวันที่ 26 ตุลาคม 2547 ในการจัดซื้อที่ดินเพิ่มอีก 3 ไร่ 114.9 ตารางวา เพื่อสร้างสนามกีฬาเอนกประสงค์โดยได้รับความอนุเคราะห์จากสมาชิกวุฒิสภากรุงเทพมหาคร เขตบางซื่อ (ท่านชัชวาลย์ คงอุดม) ในการประสานติดต่อผู้บริหารระดับต่าง ๆ ของฝ่ายรัฐบาล

- วันที่ 28 ธันวาคม 2549 ดรงเรียนได้รับพระมหากรุณาธิคุณ พระราชทานชื่ออาคารเอนกประสงค์ว่า "อาคารเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถเนื่องในโอกาสพระราชพิธีเฉลิมพระชนมพรรษา 6 รอบ 12 สิงหาคม 2547 ในการนี้สมเด็จพระเทพรัตนราชนุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานเปิดอาคารเรียนหลังใหม่