โรงเรียนวาปีปทุมตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2492 เปิดทำการเรียนการสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2492 โดยอาศัยสถานที่โรงเรียนบ้านหนองแสง (วาปีวิทยาคม) ซึ่งเป็นโรงเรียนประชาบาลประจำอำเภอ (ปัจจุบันคือ โรงเรียนอนุบาลวาปีปทุม) เปิดทำการสอน 1 ห้องเรียน มีนักเรียน 45 คน โดยมีนายจำนง ภวภูตานนท์ เป็นครูใหญ่

ต่อมากระทรวงศึกษาธิการได้จัดสรรงบประมาณ ให้ก่อสร้างอาคารเรียนถาวร จำนวน 1 หลัง มีลักษณะ เป็นอาคารไม้ใต้ถุนสูง จำนวน 6 ห้องเรียน เป็น งบประมาณทั้งสิ้น 150,000 บาท บนเนื้อที่ 42 ไร่ 40 ตารางวา ติดถนนวาปีปทุม-มหาสารคาม เปิดใช้อาคารเรียน เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2493

ในปีการศึกษา 2503 ได้เปิดทำการสอนตามหลักสูตรวิชาสามัญพุทธศักราช 2503 หลังจากนั้น ในปีการศึกษา 2504 ได้เปลี่ยนแปลงหลักสูตรใหม่ตามแผนการศึกษาชาติ จากชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4,5,6 เป็นชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1,2,3 ออกปีละชั้น จนกระทั่งสิ้นสุดในปีการศึกษา 2506

ในปีการศึกษา 2521 โรงเรียนเปิดทำการสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น ตามหลักสูตรมัธยมศึกษา ตอนต้น พุทธศักราช 2521 และเปิดทำการสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลาย พุทธศักราช 2524 โดยเปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงระดับมัธยมศึกษาปีที่ 6

ปีการศึกษา 2545 โรงเรียนวาปีปทุมเป็นโรงเรียนเครือข่ายการใช้หลักสูตรขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 ในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4

ปีการศึกษา 2546 ได้มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างระดับกระทรวงศึกษาธิการ โดยมีการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาทั่วประเทศ 175 เขต สำหรับโรงเรียนวาปีปทุม สังกัดเขตพื้นที่การศึกษามหาสารคาม เขต 2

ปีการศึกษา 2547 โรงเรียนวาปีปทุมมีห้องเรียน 61 ห้องเรียน โดยจัดเป็นช่วงชั้นที่ 3 จำนวน 29 ห้องเรียน และช่วงชั้นที่ 4 จำนวน 30 ห้องเรียน แยกเป็นนักเรียนชาย 1,109 คน นักเรียนหญิง 1,551 คน รวมทั้งสิ้น 2,827คน และครู-อาจารย์อีก 120 คน

ปีการศึกษา 2552 โรงเรียนวาปีปทุมได้รับคัดเลือกจากกระทรวงศึกษาธิการให้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทาน ประเภทโรงเรียนมัธยมศึกษาขนาดใหญ่ เข้ารับพระราชทานรางวัลจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารี เมื่อ พ.ศ. 2552 ซึ่งมีนางสุมาลย์ สุรมณี เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน นับเป็นเกียรติประวัติสูงสุดของสถานศึกษา

ปีการศึกษา 2553 โรงเรียนวาปีปทุม ได้รับคัดเลือกเข้าโครงการโรงเรียนมาตรฐานสากล (World-Class Standard School) ซึ่งเป็น 1 ใน 500 โรงเรียนทั่วประเทศ[2]