สำหรับการคัดเลือกเข้าศึกษาต่อยังโรงเรียนวาปีปทุม มีอยู่ 2 ประเภทคือ

1. ประเภทโครงการห้องเรียนพิเศษ เป็นการสอบคัดเลือกโดยอิงข้อสอบจากสถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เพื่อให้ได้นักเรียนเข้าสู่โครงการห้องเรียนพิเศษทั้ง 3 โครงการ โดยแบ่งเป็น

• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 โครงการห้องเรียนพิเศษวิทยาศาสตร์ ตามแนวทาง สสวท.และ สวอน. และโครงการห้องเรียนพิเศษวิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์และภาษาอังกฤษ (SEM) รวมทั้ง 2 โครงการ ประมาณ 70 คน
• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 โครงการห้องเรียนพิเศษวิทยาศาสตร์ ตามแนวทาง สสวท.และ สวอน. อีกประมาณปีละ 65 - 70 คน

โดยจะจัดสอบพร้อมกับโครงการห้องเรียนพิเศษโรงเรียนอื่นๆทั่วประเทศ ประมาณเดือนกุมภาพันธ์ - มีนาคม เป็นประจำทุกปี

2. ประเภทห้องเรียนทั่วไป เป็นการรับนักเรียนรูปแบบปกติ ดำเนินการรับนักเรียนโดยโดยแบ่งได้ดังนี้

• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 รับนักเรียนด้วย 3 ระบบคือ การสอบคัดเลือกทั่วไป การจับสลากสำหรับนักเรียนในเขตพื้นที่บริการ และนักเรียนความสารถพิเศษ รวมแล้วประมาณปีละ 500 คน
• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 รับนักเรียนด้วย 3 ระบบคือ การใช้โควตานักเรียนโรงเรียนเดิม การสอบคัดเลือกทั่วไป และนักเรียนเงื่อนไขพิเศษ รวมแล้วประมาณปีละ 500 คน[8]