ความมุ่งหมายเดิมของผู้ก่อตั้งโรงเรียนเมื่อประมาณ 80 ปีมาแล้วนั้น ต้องการให้มี โรงเรียนในท้องที่เพื่อให้ลูกหลานได้มีโอกาสเล่าเรียนกันอย่างทั่วถึงทั้งด้านศาสนาและวิชาสามัญ ซึ่งนโยบายนี้โรงเรียนยังสืบสานต่อมาจนถึงปัจจุบัน ถือว่านักเรียนทุกคนเป็นดั่งลูกหลานจึงเอาใจใส่ดูแลอย่างใกล้ชิด ทั้งความประพฤติและการเรียน ฉะนั้นจะศึกษาต่อในระดับสูงขึ้นไป ก็สามารถแข่งขันกับสถานศึกษาอื่นได้ หรือจะไปประกอบอาชีพ ก็เป็นคนดี มีทั้งคุณธรรมและความรู้สร้างคุณภาพชีวิตที่ดีให้แก่ตนเองได้ เดิมทีนั้น โรงเรียนตั้งอยู่ริมคลองแสนแสบ มีอาคารเรียนเพียงหลังเดียว เป็นอาคารไม้เมื่อปี พ.ศ. 2522 จึงย้ายที่ตั้งจากริมคลองแสนแสบ ขึ้นมาทางทิศเหนือประมาณ 500 เมตร และก่อสร้างอาคารเรียนเป็นตึก 3 ชั้น 1 หลัง มีอาคารไม้ชั้นเดียวอีก 1 หลัง ปี พ.ศ. 2535 จึงรื้ออาคารไม้ออกแล้วปลูกอาคารเรียนเป็นตึก 3 ชั้นขึ้นแทนที่อาคารเรียนทั้งสองหลังนี้ คุณเกียรติ วัธนเวคิน ศิษย์เก่าของโรงเรียน เป็นผู้สร้างอุทิศให้โรงเรียนได้ขออนุญาตเปิดสอน ป.1 – ป.4 เพิ่มขึ้นจากเดิม เมื่อ พ.ศ. 2503 ดังนั้นโรงเรียนจึงเปิดสอนทั้งระดับประถม และมัธยม คือ ป.1 - ม.6 แต่เนื่องจากความจำเป็นบางประการที่ไม่อาจดำรงอยู่ได้จึงได้โอนระดับประถมไปให้กรุงเทพมหานครเป็นผู้ดำเนินการเมื่อปีพ.ศ. 2519 เมื่อโอนกิจการไปแล้ว กรุงเทพมหานครยังคงใช้ชื่อเดิมว่าโรงเรียนหนองจอกพิทยานุสรณ์เมื่อปี พ.ศ. 2525 โรงเรียนมีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญอีกครั้งหนึ่ง คือการโอน โรงเรียนเข้าเป็นของมูลนิธิมัสยิดอัลฮุดา และยังคงสถานภาพถึงปัจจุบัน ปัจจุบันโรงเรียนหนองจอกพิทยานุสสรณ์มัธยม จัดการศึกษาสายสามัญศึกษาตั้งแต่ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 – มัธยมศึกษาปีที่ 6 โดยมีนายวรวีร์ มะกูดี เป็นผู้รับใบอนุญาต นางฟารีดะห์ เอี่ยมอิทธิพล เป็นผู้จัดการและครูใหญ่