โรงเรียนหนองจอกพิทยานุสสรณ์มัธยม ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2464 เป็นโรงเรียนแห่งแรกในอำเภอหนองจอก ที่เปิดสอน ในระดับมัธยม มีนายฮัจยีการีม มะกูดี เป็นผู้รับใบอนุญาตคนแรก และเมื่อแรกตั้งใช้ชื่อว่า อัลบิดายะห์ จากนั้น ได้มีการเปลี่ยนแปลงมาตามลำดับคือ หนองจอกพิทยาพูน นุรุลอิสลาม มัธยมศิริศิลป์ จนถึงเมื่อวันที่ 15 กรกฎาคม 2488 จึงได้ขออนุญาตเปลี่ยนชื่อเป็น หนองจอกพิทยานุสสรณ์ เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2534 จึงได้ขออนุญาตเพิ่มคำว่า มัธยม ลงท้ายชื่อโรงเรียน ปัจจุบันจึงมีชื่อเต็มว่า “โรงเรียนหนองจอกพิทยานุสสรณ์มัธยม” และในปี พ.ศ. 2546 ได้ขยายเพิ่มเติมในระดับชั้นเรียน ม. 4 – ม.6 ปัจจุบันโรงเรียนหนองจอกพิทยานุสสรณ์มัธยมเปิดสอนในระดับชั้น ม.1 – ม.6