โรงเรียนอัสสัมชัญคอนแวนต์เริ่มเปิดทำการสอนโดยคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร ในวันที่ 2 มีนาคม 2447 มีเซอร์แซงต์ ซาเวียร์ เป็นอธิการิณีท่านแรก เนื่องจากดำริของ มุขนายกฌอง หลุยส์ เวย์ (Jean Louis Vey) ที่จะสร้างสถานศึกษาสำหรับเด็กหญิง จึงมอบหมายให้คุณพ่อเอมิล ออกัสต์ กอลมเบต์ ผู้ก่อตั้งโรงเรียนอัสสัมชัญเป็นผู้ดำเนินงาน มีคุณพ่อ เรอมิเออ (Romier) เหรัญญิกของมิสซังเป็นผู้อำนวยการก่อสร้างตึกเรียน จากนั้นจึงได้มอบหมายหน้าที่ด้านการบริหารให้แก่ภคินีคณะเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร ซี่งขณะนั้นดำเนินงานอยู่ที่โรงพยาบาลเซนต์หลุยส์ ดังนั้นโรงเรียนอัสสัมชัญคอนแวนต์จึงถือเป็นโรงเรียนแห่งแรกของเครือเซนต์ปอล เดอ ชาร์ต

เมื่อเริ่มเปิดทำการสอนนั้นมีนักเรียน 37 คน โดยมีท่านอธิการิณีและภคินีอีก 7 คน และครูฆราวาสอีก 2 - 3 คน เป็นผู้สอน โดยจะเน้นการใช้ภาษาต่างประเทศเป็นหลัก ได้แก่ วิชาภาษาอังกฤษ ภาษาโปรตุเกส ภาษาเยอรมัน ภาษาไทย และดนตรี นอกจากนี้นักเรียนทุกคนต้องได้รับการอบรมด้านจริยธรรม สังคมสงเคราะห์ และกิริยามารยาท อันถือเป็นลักษณะเฉพาะของโรงเรียนซึ่งยังคงสืบทอดมาถึงปัจจุบันโรงเรียนตั้งอยู่บนที่ดินขนาด 3 ไร่ 2 งาน ติดกับแม่น้ำเจ้าพระยา ในพื้นที่ของอาสนวิหารอัสสัมชัญ โดยได้มีการเสกอาคารเรียนหลังแรกในวันที่ 18 มิถุนายน 2448 ดังน้นจึงถือว่าวันนี้เป็นวันเปิดเรียนอย่างเป็นทางการ

2495 ด้วยจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้นทุกปี ๆ ในที่สุดจึงได้ก่อตั้งโรงเรียนอัสสัมชัญศึกษาขึ้น ซึ่งอยู่ในความดูแลของอาสนวิหารอัสสัมชัญ 2538 ได้แยกแผนกประถมไปที่โรงเรียนอัสสัมชัญคอนแวนต์ สีลม บน ถ.ประมวญ กรุงเทพฯ2541 ได้ขยายโรงเรียน โดยเปิดโรงเรียนอัสสัมชัญคอนแวนต์ ลำนารายณ์ ขึ้นที่ อ.ชัยบาดาล จ.ลพบุรี ทำการสอนตั้งแต่ระดับประถมศึกษาปีที่ 1 - 6 (ปัจจุบันสอนถึงระดับมัธยมศึกษาปีที่ 6) ปัจจุบันโรงเรียนอัสสัมชัญคอนแวนต์ทำการสอนตั้งแต่ระดับประถมศึกษาปีที่ 1 - มัธยมศึกษาปีที่ 6 โดยมีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น 3,658 คน ครู 203 คน