โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี มีแผนการเรียนแบ่งได้ดังนี้ [14]

หลักสูตรต่างๆ

ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6

1. แผนการเรียน IEP
2. แผนการเรียน IEP - Bell
3. แผนการเรียน English Program

ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-3

1. แผนการเรียน IEP
2. แผนการเรียน IEP - Bell
3. แผนการเรียน English Program

ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4-6

• หลักสูตรสามัญ

1. แผนการเรียนวิทยาศาสตร์ – คณิตศาสตร์ (วิทย์ – คณิต)
2. แผนการเรียนอังกฤษ – คณิตศาสตร์ (ศิลป์ – คำนวณ)
3. แผนการเรียนสหศิลป์ ได้แก่ สหศิลป์-จีน , สหศิลป์-ญี่ปุ่น , สหศิลป์-คอมพิวเตอร์ , สหศิลป์ดนตรีและการแสดง , สหศิลป์กีฬา(เฉพาะนักกีฬาโครงการพิเศษของโรงเรียน)

• หลักสูตร English Program

1. แผนการเรียนวิทยาศาสตร์ – คณิตศาสตร์ (วิทย์ – คณิต)
2. แผนการเรียนอังกฤษ – คณิตศาสตร์ (ศิลป์ – คำนวณ)