ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2552 สำนักข่าวซีเอ็นเอ็นรายงานว่ามีผู้ลี้ภัยชาวโรฮีนจาจำนวน 1,000 คนอพยพมาจากประเทศพม่า ได้ถูกทหารพม่าจับกุมพร้อมทั้งถูกทารุณกรรม จากนั้นถูกจับโยนลงทะเลโดยไม่มีเรือมารับ และขาดแคลนทั้งน้ำและอาหาร เรื่องนี้รัฐบาลทหารพม่าออกมาตอบโต้ในเบื้องต้นว่า ซีเอ็นเอ็นรายงานข่าวเกินความจริง และที่ว่าผู้ลี้ภัยเหล่านี้ใช้เรือใบโดยไม่มีเครื่องยนต์และห้องน้ำบนเรือ จนกระทั่งเจ้าหน้าที่ช่วยเหลือพวกเขาขึ้นมายังชายฝั่ง ทางด้าน โฆษกกระทรวงกลาโหมพม่า ออกมาปฏิเสธว่าสื่อรายงานไม่ถูกต้อง[38]

นอกจากนี้สื่อยังได้รายงานผลการสอบสวนว่า ผู้ลี้ภัยเหล่านี้ได้หายตัวไปจากการกักขังที่ส่วนกลางและยังไม่พบว่าอยู่ที่ไหน รัฐบาลทหารพม่าให้สัมภาษณ์กับสื่อมวลชนว่า "พวกเราอาจหยุดเดินเรือหรือพวกเขาจะกลับมา ทิศทางลมจะพาพวกเขาไปยังอินเดียหรือไม่ก็ที่อื่น"[39] จากนั้นรัฐบาลทหารพม่าให้สัญญาว่าจะดำเนินการสอบสวนผู้นำทางทหารอย่างเต็มที่ แต่ออกมาปฏิเสธข้อกล่าวหาที่หาว่าปกปิดการใช้อำนาจกองทัพไปในทางที่ผิด

แอนเจลีนา โจลี ทูตสันถวไมตรีแห่งข้าหลวงใหญ่ผู้ลี้ภัยแห่งสหประชาชาติ (UNHCR) วิจารณ์รัฐบาลทหารพม่าว่าไม่สนใจไยดีต่อสภาพความเป็นอยู่ที่เลวร้ายของชาวโรฮีนจา และเสนอแนะว่ารัฐบาลทหารพม่าควรดูแลคนกลุ่มนี้ให้ดีกว่าตอนที่อยู่ภายใต้การควบคุมของพม่า กระทรวงการต่างประเทศออกมาตำหนิยูเอ็นเอชซีอาร์ มีการบันทึกว่ายูเอ็นเอชซีอาร์ไม่มีอำนาจหน้าที่และการกล่าวว่าเรื่องนี้ไม่ควรจะอ้างถึงกระทรวงการต่างประเทศ และอาคันตุกะของกระทรวงการต่างประเทศ[40][41]