Volksmarine นำโดย Kommando der Volksmarine (กองบัญชาการกองทัพเรือประชาชน) ใน Rostock-Gehlsdorf มีโครงสร้างดังนี้ (ในปี 1985):

• กองเรือที่ 1 ใน Peenemünde,
• กองเรือที่ 4 ใน รอสต็อก-Warnemünde,
• กองเรือที่ 6 ที่ Bug บนเกาะ Rügen
• กองพลชายแดนที่ 6 (ชายฝั่ง) ใน รอสต็อก กองกำลังตามชายฝั่งประกอบด้วย:
• กองร้อยสนับสนุนด้านเทคนิคตอร์ปิโด (TTK-18) หนึ่งแห่งใน Sassnitz (ให้บริการตอร์ปิโดต่อต้านเรือดำน้ำ)
• กองเฮลิคอปเตอร์ทหารเรือหนึ่งลำ (MHG-18) ใน Parow ใกล้เมืองชตราลซุนด์
• กองบินทหารเรือ 1 ลำ (MFG-28) ใน Laage
• กองพันวิศวกรรมกองทัพเรือ 1 กอง (MPiB-18) ใน Sassnitz
• 1 Combat Swimmer Command (KSK- 18) ใน Kühlungsborn
• กองทหารขีปนาวุธชายฝั่งหนึ่งกอง (สนับสนุนภาคพื้นดิน) (KRR-18) ใน Schwarzenpfost
• กองทหารป้องกันชายฝั่งหนึ่งกอง (สนับสนุนภาคพื้นดิน) (KVR-18) ใน รอสต็อก (จาก 1988)
• บริษัทโฆษณาชวนเชื่อทางเรือแห่งหนึ่ง (PRK-18) ในเมืองรอสต็อก-Warnemünde
• บริการอุทกศาสตร์ทางทะเลของ GDR (SHD) ในเมืองรอสต็อก