ช่วงเตรียมความพร้อมไปสู่การแข่งขันได้ถูกตั้งคำถามวิพากษ์วิจารณ์ รวมถึงปัญหาวิกฤตการณ์ทางการเมืองและเศรษฐกิจของบราซิล การแพร่ระบาดของไวรัสซิกาและมลพิษที่สำคัญในอ่าวกวานาบารา และเรื่องอื้อฉาวเกี่ยวกับสารกระตุ้นที่เกี่ยวข้องกับรัสเซียซึ่งส่งผลกระทบต่อการมีส่วนร่วมของนักกีฬาในการแข่งขัน อย่างไรก็ตามไม่มีผู้เข้าร่วมการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกที่ได้รับเชื้อไวรัสซิกา[31] และการแข่งขันเกิดขึ้นตามปกติโดยไม่มีเหตุการณ์สำคัญใด ๆ[32][33][34]