โอโรจิ มารุ มาจากเผ่าโอโรจิ คนกึ่งเทพงู เป็นหมุ่บ้านที่อาศัยอยู่รอบๆภูเขาใหญ่แห่งราชาเทพงู ต่อมาได้โดนฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ ด้วยสาเหตุบางประการ จากนั้น ซารุโทบิตอนวัย54ก็มารับตัวไปเป็นลูกศิษย์ ตอนนั้นโอโรจิมารุอายุ4ขวบ

เขาเรียนจบการศึกษาโรงเรียนนินจาเมื่ออายุ6ขวบ ได้เข้าสมาชิดจูนิน7ขวบ ไปเป็นโจนินเมื่ออายุ8ขวบ อยู่ภายไลใต้สักกัดหน่วยของท่านดันโซในฐานทับรับวังใต้ดินที่โคโนฮะ ในฐานะองค์รักษ์ของท่านดันโซ ม่ลีพวกนินนจาระดับจูนิน-รากหญ่ามาเป็นลูกน้อง เขามักจะขอร่วมทำภารกิจกับจิไรยะ กับซึนาเดะเพร้อมลูกน้องของทั้ง3คนเสมอๆ โอโรจิ มารุเคยได้ร่วมสู้ในสงครามโลกนินจาครั้งที่3มีท่านซารุโทบิเป็นผู้นำทัพในการรพใหญ่มาครั่งหนึ่ง จากสาเหตุที่ว่า ผู้นำต่างแคว่นใหญ่ทั้ง5ต้องการจะยึดอำนาจของแคว่นใหญ่อื่นๆ ในสะเก็ตสงครามโลกนินจาครั้งที่3ขนาดย่อมๆมาหลายหมื่นครั่ง ตามแคว่นต่างๆ เขารอดตายมาได้จากวิชานินจาลม งูแฝดพลีชีพ หัตถ์อสรพิษพัวพัน มือเงาอสรพิษ หัตถ์อสรพิษประสานเงา 100เงาคลื่นอสรพิษ(พ่นงูออก มามากเท่าภูเขา) อัญเชิญเคียวไดจา มันดะ ประตูราโซมอน (อาจมีถึง3ขั้นก็ได้) เขี้ยวอสรพิษ พันธนาการอสรพิษจนถูกฮันโซในวัย54ตั้งฉายยาว่า1 ใน 3 นินจาในตำนาน ในขณะที่เขาอายุได้18ปี คือคนเก่งกับอันตรายที่สุด ศิษย์ของโฮคาเงะรุ่นที่ 3 พร้อมกับซึนาเดะและจิไรยะ โดยเมื่อสมัยที่ยังอยู่ในโคโนฮะ คือนินจาที่มีพรสวรรค์พยายามที่จะเรียนรู้วิชานินจาทุกชนิดที่มี และได้ทดลองวิชาต่างๆ กับร่างกายของนินจาคนอื่น รวมทั้งการผ่าตัดศพ กับตัวเอง เพื่อให้ตนเป็นอมตะ หวังสำเร็จทุกวิชานินจาทั้งหมด แต่เพราะมีความทะเยอทะยานมากไป ทำให้หลายคนในหมู่บ้านแม้แต่รุ่นที่ 3 ก็ไม่พอใจ กับแค้นใจที่ไมได้เป็นโฮคาเงะ รุ่นที่ 4 จึงหันไปจับคนในหมู่บ้านทำวิจับต้องห้ามหนักกว่าเดิม พอรุ่นที่ 3 กลับมาดำรงตำแหน่งอีกครั้งจับได้ จนงานวิจัยถูกปิดตัวลง ตนคือนินจาถอนตัวหนีคดีที่ก่อ ไปสร้างศูนย์วิจัยลับทุกแคว้นต่างๆตรงแถบชายแดน

ต่อมาได้เข้าร่วมกับกลุ่มแสงอุษา มีปัญหากับอิทาจิ ตนแพ้เสียแขนซ้าย จึงถอนตัว กับไปก่อตั้งแคว้นโอโตะ ย้ายร่างใหม่เป็นผู้หญิง โดยส่งคาบูโตะเป็นสปายในแสงอุษาอีกที ตอนที่พวกนารูโตะเข้าสอบจูนิน ตนกับคาบูโตะแฝงตัวเป็นเกะนินเข้าสอบกับก็ปลูกถ่ายอักขระสาปใส่ซาสึเกะ กับสอดส่องดู หลอกใช้หมู่บ้านซึนะถล่มโคโนฮะ โดยตนฆ่าคาเซะคาเงะรุ่นที่ 4 กับสวมลอย พอเริ่มแผนสู้กับโฮคาเงะรุ่นที่ 3 ถึงกับใช้สัมภเวสีคืนชีพเรียกโฮคาเรุ่นที่ 1 กับ 2 มา จนสุดท้านโฮคาเงะรุ่นที่ 3 สละชีวิตตัวเองผนึกโฮคาเงะรุ่น 1 กับ 2 ตนที่รอดตายแต่แขน 2 ข้างถูกสะกดไปด้วย จึงใช้คาถาไม่ได้อีก จึงหนีไป ช่วงพักฟื้นค้นหาซึนาเดะเพื่อให้รักษา แต่ซึนาเดะไม่เอา ตนกับคาบูโตะร่วมมือกันเรียกมันดะมาสู้กับจิไรยะกับซึนาเดะจนแพ้แล้วหนีไปอีก จากนั้นส่ง 5 นินจาคนสนิทไปพาตัวซาสึเกะมากับให้คาบูโตะส่งคิมิมาโร่ไป ส่วนตนไม่มีเวลาเหลือจึงรีบย้ายเพื่อยืดชีวิต พอซาสึเกะมาก็ฝึกให้ กับหาทางคลายผนึกที่แขนไปในตัว

3 ปีต่อมา กับหนีการตามล่าจากทีม 7 โคโนฮะ พอซาสึเกะเห็นว่าตัวเองพร้อมจึงฆ่าตนทิ้ง แท้จริงตนถูกขังในอักขระสาปอยู่ในตัวซาสึเกะ พอซาสึเกะที่ถูกไล่ต้อนตอนสู้ตัดสินกับอิทาจิ ตนยึดร่างซาสึเกะแต่ถูกอิทาจิผนึกไป

ในสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 ถูกซาสึเกะคืนชีพขึ้นมาจากอักขระสาปในตัวอังโกะ ซึ่งตนก็รู้เรื่องสงคราม แต่ไม่สน เพราะตนไม่ได้ก่อ พอกับเห็นความตั้งใจของซาสึเกะที่จะหาคำตอบของแนวคิด จึงดูดจักระของตนในตัวคาบูโตะออกมาเพื่อเพิ่มพลัง กับนำทางทีมเหยี่ยวนำไปที่วัดนอกโคโนฮะเอาหน้ากากยมทูตมากับไปศาลเจ้าของอุจิวะ กับเตรียมการสละชีวิตตัวเองเพื่อคลายผนึก กับให้จูโกะปล่อยจักระใส่ซาสึเกะเรียกโคลนเซ็ตสึ 6 ตัวออกมา กับเอา 4 ตัวมาสังเวยเรียกโฮคาเงะรุ่นที่ 1-4 ส่วนอีก 2 ตัว ตนก็ย้ายร่างสิงตัวนึง อีกตัวให้จูโกะฟื้นตัว พอซาสึเกะถามเรื่องต่างๆที่อยากรู้จากทั้ง 4 เสร็จ คิดไปสงคราม ตนก็เอาด้วย แล้วคารินแหกคุกตามมา โฮคาเงะรุ่นที่ 3 ถามว่าทำไมตนถึงช่วยซาสึเกะ ตนก็บอกไปว่าตนสนใจถึงแนวคิดที่แตกต่าง ตนก็พาคารินกับซุยเงสึไปรักษา 5 คาเงะ ในปัจจุบัน กับบอกถึงแนวคิดใหม่ของตน เข้าร่วมสงคราม กับนำทีมเหยี่ยวสู้กับโทบิ(เซ็ตสึหน้าม้วน) พอจบสงครามนำทีมเหยี่ยวของซาสึเกะไปที่ศูนย์วิจัยลับที่เหลือกับเป็นมิตรกับโคโนฮะ