รีซัลกลับฟิลิปปินส์เมื่อ พ.ศ. 2430 แต่อยู่ได้เพียง 6 เดือน ก็ถูกบีบให้กลับไปอยู่ในยุโรปอีก ซึ่งเป็นผลจากนวนิยาย “อันล่วงละเมิดมิได้” เขากลับมาฟิลิปปินส์อีกครั้งเมื่อ พ.ศ. 2435 โดยช่วงที่อยู่ในยุโรปช่วงที่ 2 นี้ เขาเขียนนวนิยายเรื่อง El Filibusterimos ซึ่งเป็นภาคต่อของนิยายเรื่องแรก เมื่อเขากลับมาถึงฟิลิปปินส์ หน่วยสืบราชการลับของสเปนพบนิยายต้องห้ามในกระเป๋าเดินทาง เป็นเหตุให้เขาถูกเนรเทศไปอยู่เกาะดาปีตัน ทางตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะมินดาเนา

ช่วง พ.ศ. 2411–2421 เกิดการลุกฮือขึ้นในคิวบา พรรคพวกของรีซัลวิ่งเต้นให้รีซัลไปทำงานด้านการแพทย์ในสงครามนี้ รีซัลได้รับอนุญาตให้ไปคิวบาเมื่อ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2439 แต่เขาพลาดเรือ ไม่ได้เดินทางไป ขณะเดียวกันนั้น อันเดรส โบนีฟาซีโอ นักปฏิวัติผู้ก่อตั้งสมาคมกาตีปูนัน ติดต่อรีซัลให้เข้าร่วมปฏิวัติด้วยความรุนแรงแต่เขาปฏิเสธ

รีซัลถูกกักตัวบนเรือรบสเปนและถูกส่งไปสเปนเมื่อ 3 กันยายน แต่หลังจากการโจมตีสเปนของโบนีฟาซีโอเมื่อ 30 สิงหาคม ทำให้ฝ่ายอาณานิคมเพ่งเล็งรีซัล และส่งโทรเลขให้จับกุมรีซัลไว้และส่งกลับฟิลิปปินส์เมื่อ 3 ธันวาคม เขาถูกนำตัวขึ้นศาลไต่สวนเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม และถูกตัดสินให้ประหารชีวิตเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม การประหารชีวิตมีขึ้นในตอนเช้าวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2439 ทำให้รีซัลกลายเป็นวีรบุรุษของฟิลิปปินส์ไปในที่สุด