รีซัลเกิดเมื่อ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2404 ในครอบครัวที่มีฐานะดี มีเชื้อสายจีน สเปน ญี่ปุ่น และตากาล็อก จัดเป็นชนชั้นเมสตีโซตามการแบ่งชนชั้นในยุคอาณานิคมสเปน เขาได้รับการศึกษาจากโรงเรียนของบาทหลวงโดมินิกันและเยซูอิต เขาใช้ได้หลายภาษาทั้งภาษาตากาล็อก ภาษาสเปน ภาษาละติน และภาษาฮีบรู

แม่ของรีซัลถูกตัดสินจำคุก 2 ปี ด้วยข้อหาวางยาพิษเพื่อนบ้าน พี่ชายของเขาถูกไล่ออกจากโรงเรียนเพราะใกล้ชิดกับกลุ่มบาทหลวงชาวพื้นเมืองที่ถูกศาสนจักรสเปนสั่งแขวนคอ เมื่อ พ.ศ. 2415 ในมรสุมชีวิตดังกล่าว รีซัลมีอายุเพียง 10-11 ปี เท่านั้น ในที่สุดรีซัลจึงถูกส่งไปเรียนแพทย์ในยุโรปเป็นเวลา 5 ปี ซึ่งกลายเป็นห้วงเวลาที่เขาได้เพาะบ่มอุดมการณ์เพื่อต่อสู้กับเจ้าอาณานิคมสเปน