ใจเกิดเมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2496 เป็นบุตรชายคนสุดท้องของ ศาสตราจารย์ ดร.ป๋วย อึ๊งภากรณ์ อดีตผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศไทยและอธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ กับนางมาร์กาเร็ต สมิธ ซึ่งมาจากลอนดอน[2] มีพี่ชายสองคน คือ จอน อึ๊งภากรณ์ อดีตสมาชิกวุฒิสภากรุงเทพมหานคร และไมตรี อึ๊งภากรณ์ เจ้าหน้าที่ข่าวสารองค์การการค้าโลก ประจำเจนีวา ประเทศสวิตเซอร์แลนด์[3]

ใจจบปริญญาตรีชีวเคมี จากมหาวิทยาลัยซัสเซ็กส์ และปริญญาโทสิ่งแวดล้อม มหาวิทยาลัยเดอแรม และปริญญาโทรัฐศาสตร์ (การเมืองเอเชียตะวันออกเฉียงใต้) ที่ วิทยาลัยบูรพศึกษาและแอฟริกาศึกษา มหาวิทยาลัยลอนดอน (The School of Oriental and African Studies - SOAS) และทำงานเป็นผู้ช่วยฝ่ายวิจัย มหาวิทยาลัยออกซฟอร์ด เป็นเวลา 12 ปี

ใจ อึ๊งภากรณ์ เดินทางกลับประเทศไทย และเป็นอดีตอาจารย์ประจำภาควิชาการปกครอง คณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ในปี พ.ศ. 2540 ร่วมกับกลุ่มเพื่อนฝูง ก่อตั้งคณะทำงานเพื่อชำระประวัติศาสตร์กรณี 6 ตุลาคม พ.ศ. 2519 ขึ้นมาใหม่ ร่วมกิจกรรมกับองค์กรพัฒนาเอกชน และเขียนบทความวิจารณ์สังคมและการเมืองไทย ในหนังสือพิมพ์ทั้งภาษาไทยและภาษาอังกฤษอยู่เสมอ

ในเหตุการณ์รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 ได้มี คำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 49/2557 ให้เขาไปรายงานตัว ต่อมาศาลทหารได้ออกหมายจับเขาในข้อหาฝ่าฝืนคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ