หลังจบการศึกษา นายไกรศักดิ์กลับมาเป็นอาจารย์สอนหนังสือที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และเป็นนักวิชาการอิสระที่ได้ชื่อว่าค่อนข้างเอียงซ้าย แต่เมื่อพลเอกชาติชาย ชุณหะวัณ รับตำแหน่งนายกรัฐมนตรี เมื่อ พ.ศ. 2532 ก็ได้ลาออกจากราชการมาเป็นคณะที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี ร่วมกับ บวรศักดิ์ อุวรรณโณ, สุรเกียรติ์ เสถียรไทย และพันศักดิ์ วิญญรัตน์ หลังจากนั้น จึงหันมาทำงานพัฒนาการเมือง และสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกวุฒิสภา เมื่อปี พ.ศ. 2543