Adenosine phosphate-isopentenyltransferase (IPT) เป็นเอนไซม์ที่เร่งปฏิกิริยาแรกในการสังเคราะห์ไซโตไคนินชนิดไอโซพรีน อาจจะใช้ ATP ADP หรือ AMP เป็นสารตั้งต้นและอาจจะใช้ dimethylallyl diphosphate (DMAPP) หรือ hydroxymethylbutenyl diphosphate (HMBDP) เป็นตัวให้หมู่พรีนิล[6] ปฏิกิริยานี้เป็นปฏิกิริยาที่จำกัดการสังเคราะห์ไซโตไคนิน DMAPP และ HMBDP ที่ใช้ในการสังเคราะห์ไซโตไคนิน สร้างมาจากmethylerythritol phosphate pathway (MEP)[6]

ไซโตไคนินอาจจะสังเคราะห์มาจาก tRNA ในพืชและแบคทีเรีย[6][7] tRNAs ที่มี anticodon ที่เริ่มด้วย uridine และเป็นตัวพาอะดินีนที่เติมหมู่พรีนิลแล้วจะถูกสลายเพื่อนำอะดินีนไปสร้างเป็นไซโตไคนิน[6] การเติมหมู่พรีนิลของอะดินีนเกิดขึ้นโดยเอนไซม์ tRNA-isopentenyltransferase.[7] ออกซินมีบทบาทในการควบคุมการสังเคราะห์ไซโตไคนิน[8]

แบคทีเรียบางชนิดผลิตไซโตไคนินได้ เช่น Rhodospirillum robrom ซึ่งเป็นแบคทีเรียสีม่วง สร้างสารคล้ายไซโตไคนิน 4-hydroxyphenethyl ได้ [9] และ Paenibacillus polymyxa ซึ่งเป็นแบคทีเรียที่พบในไรโซสเฟียร์ของพืช สร้างไซโตไคนินชนิด iP ได้ [10] ไซโตไคนินบางชนิดมีผลต่อจุลินทรีย์ด้วย เช่น ไคนีติน กระตุ้นการเจริญ การสร้างรงควัตถุและการตรึงไนโตรเจนของ Anabaena doliolum เร่งการเจริญเติบโตและการแบ่งเซลล์ในยีสต์ และราบางชนิดในสกุล Aspergillus และ Penicillium ใช้ไซโตไคนินเป็นแหล่งไนโตรเจน[11]