โดยที่ทาง การกีฬาแห่งประเทศไทย และ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้มีการจัดทำ บันทึกช่วยจำ การจัดการแข่งขันฟุตบอลอาชีพของประเทศไทย ระหว่าง การกีฬาแห่งประเทศไทย กับสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ[1] ซึ่งเป็นเอกสารข้อตกลงในการรวมลีก ทั้ง โปรลีก และ ไทยลีก เข้าไว้ด้วยกัน ทำให้ มีการปรับโครงสร้างลีกและสโมสรเกิดขึ้น โดยในฤดูกาลนี้ ทางสมาคมฯ ในฐานะผู้รับผิดชอบจัดการแข่งขัน จึงได้มีการกำหนดจำนวนทีมและการจัดการแข่งขันร่วมกับทาง กกท. โดยจะให้ทีมสโมสรอันดับที่ 4 ถึง 14 ของการแข่งขัน โปรลีก 2549 และ สโมสรจังหวัดชนะเลิศและรองชนะเลิศ การแข่งขัน โปรลีก 2 2549 เข้าร่วมการขันของสมาคมฯ ร่วมกับ สโมสรที่ไม่ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นหรือตกชั้นการแข่งขัน ดิวิชั่น 1 2549 โดยจัดสโมสรแข่งขัน ออกเป็น 2 สาย สายละ 12 ทีม โดยจะนำสโมสรชนะเลิศ และ รองชนะเลิศของแต่ละสาย เลื่อนชั้นไปแข่งขัน ไทยลีก 2551 และการตกชั้น ในฤดูกาลนี้ กำหนดให้มีสโมสรตกชั้นของแต่ละสาย สายละ 5 ทีม รวมเป็น 10 ทีม เพื่อปรับโครงสร้างลีกในปีถัดไป