ชาวเปอร์เซียกลุ่มแรก ๆ ได้เข้ามาในประเทศไทยตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 16[3] ถือเป็นชาติพันธุ์ที่มีอิทธิพลทางการค้ามากที่สุดในอยุธยาช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 17 ส่วนใหญ่สืบสันดานมาแต่ตระกูลขุนนางอิหร่าน อาทิ สถาปนิก, ช่างฝีมือ, นักปราชญ์ และกวี[4] โดยชาวเปอร์เซียที่มีชื่อเสียงที่สุดคือเฉกอะหมัด เกิดเมื่อปี พ.ศ. 2086 ที่ตำบลปาอีเนะชาฮาร เมืองกุม[5] ได้เข้ามาในสยามในฐานะพ่อค้าเมื่อครั้งรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรม ซึ่งได้ดำเนินธุรกิจจนมีฐานะมั่นคงและได้เข้ารับราชการในตำแหน่งกรมท่าขวาดูแลกิจการการค้ากับพ่อค้าชาวมุสลิม จนได้รับการแต่งตั้งเป็นพระยาบวรราชนายก ที่ปรึกษาราชการแผ่นดินในรัชสมัยพระเจ้าปราสาททอง และลูกหลานของเขาก็มีบทบาทในตำแหน่งกรมท่าขวาเรื่อยมา[2] จนกระทั่งเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงการปกครองในปี พ.ศ. 2475 ตำแหน่งดังกล่าวจึงตกเป็นฝ่ายซุนนีย์ เฉกอะหมัด เป็นบรรพบุรุษของสกุลบุนนาค อหะหมัดจุฬา อากาหยี่ และนนทเกษ เป็นต้น[2]

นอกจากผู้สืบเชื้อสายจากเฉกอะหมัดแล้ว ก็ยังมีคนเชื้อสายเปอร์เซียคนอื่นๆ มีบทบาทในระดับสูงเช่นกัน โดยในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ก็มี อากามูฮัมหมัด อัครเสนาบดี, เจ้าพระยายมราช (สังข์) เจ้าเมืองนครราชสีมา และเจ้าพระยารามเดโช เจ้าเมืองนครศรีธรรมราช ก็มีเชื้อสายเปอร์เซียเช่นกัน[6]

ในรัชกาลพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ มีลูกหลานของเฉกอะหมัดคือ พระยาเพ็ชรพิไชย (ใจ) ที่เป็นข้าราชการใกล้ชิดในตำแหน่งจางวางกรมล้อมพระราชวัง ทุกครั้งเมื่อพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศเสด็จไปไหนเขาก็จะตามเสด็จด้วย แต่ต่อมาพระยาเพ็ชรพิไชยไม่มีชื่อในหมายตามเสด็จเมื่อครั้งพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศไปนมัสการพระพุทธบาท พระเจ้าอยู่หัวจึงมีพระบรมราชโองการ "พระยาเพ็ชรพิไชยเปนแขกเปนเหลื่อ ก็ให้สละเพศแขกเสีย มาเข้ารีตรับศีลทางไทยในพระพุทธศาสนา"[7] พระยาเพ็ชรพิไชยจึงสนองพระบรมราชโองการ และปฏิญาณเป็นชาวพุทธ จึงมีการแยกฝ่ายที่นับถือพุทธและอิสลามเกิดขึ้นตั้งแต่นั้น[7]