เฉกอะหมัดได้เดินทางเข้ามาในสยามพร้อมด้วยน้องชายชื่อ มะหะหมัดสะอิด โดยเข้ามาตั้งภูมิลำเนาท้ายเกาะอยุธยาเรียกว่าท่ากายี และละแวกที่แขกสองพี่น้องตั้งถิ่นฐานนั้น ชาวบ้านเรียกว่า บ้านแขก[8] เฉกอะหมัดได้สมรสกับสตรีชาวไทยชื่อเชยมีบุตรด้วยกันสามคน ต่อมาเฉกอะหมัดได้สร้างกุฎี และขยายสุสาน ซึ่งปัจจุบันรากฐานของกุฎีดังกล่าวได้ถูกรื้อถอนเพื่อสร้างเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา[9]

ชาวเปอร์เซียในอยุธยาสร้างบ้านเรือนเป็นตึกก่อปูนหลังคามุงกระเบื้อง โดยจะคับคั่งทางฝั่งคลองประตูจีนด้านทิศตะวันตก กำแพงเมืองด้านทิศใต้เกาะเมืองอยุธยาซึ่งอยู่ระหว่างประตูจีนกับประตูชัย เรียกว่าคลองประตูเทพหมีซึ่งในแผนที่กรุงศรีอยุธยาเรียกว่าประตูเทพสมีซึ่งบริเวณดังกล่าวเป็นถิ่นที่อยู่ของทั้งชาวอาหรับและเปอร์เซีย ในหนังสือแผนที่กรุงศรีอยุธยาเรียกว่าถนนบ้านแขก และชุมชนบ้านแขกทางฝั่งตะวันตกของคลองประตูจีนมีถนนตัดผ่านกลาง ซึ่งเป็นชุมชนชีอะฮ์เสียส่วนใหญ่น่าที่จะเป็นชาวเปอร์เซีย[10]

เมื่อครั้งเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง ชาวไทยเชื้อสายเปอร์เซียบางส่วนถูกกวาดต้อนพร้อมกับเชลยชาวไทยเชื้อสายอื่น ๆ ไปยังประเทศพม่า[11] ส่วนชาวเปอร์เซียที่ยังเหลือยู่ได้เดินทางเข้าสู่กรุงธนบุรี โดยที่ตั้งถิ่นฐานที่เก่าแก่ของชาวชีอะฮ์คือบริเวณคลองบางกอกใหญ่และคลองบางกอกน้อย[4] มีศาสนสถานสำคัญเช่นกุฎีเจริญพาศน์ซึ่งปัจจุบันยังเป็นสถานที่มีสมาชิกหนาแน่นกว่าที่อื่น ๆ[2] นอกจากนี้ยังมีชุมชนของชาวชีอะฮ์อีก เช่น กุฎีหลวง, กุฎีดิลฟัลลาห์ (กุฎีปลายนา) และสุเหร่าผดุงธรรม[12] ในอดีตมีกุฎีที่บ้านบางหลวง ตำบลเชียงรากใหญ่ อำเภอสามโคก จังหวัดปทุมธานี ปัจจุบันชาวชีอะฮ์ที่นั่นได้ย้ายตั้งถิ่นฐานที่บ้านทวาย เขตยานนาวา กรุงเทพมหานคร[13]

ส่วนชาวเปอร์เซียที่อพยพจากประเทศอิหร่านในสมัยหลังมานี้ ส่วนใหญ่อาศัยแถบซอยนานา กรุงเทพมหานคร[14]

ราวปี พ.ศ. 2548 มีการประมาณการว่ามีชาวมุสลิมเชื้อสายเปอร์เซียอาศัยอยู่ในกรุงเทพมหานครราว 600-800 คน[15]