โดยที่ทาง การกีฬาแห่งประเทศไทย และ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้มีการจัดทำ บันทึกช่วยจำ การจัดการแข่งขันฟุตบอลอาชีพของประเทศไทย ระหว่าง การกีฬาแห่งประเทศไทย กับสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ[1] ซึ่งเป็นเอกสารข้อตกลงในการรวมลีก ทั้ง โปรลีก และ ไทยลีก เข้าไว้ด้วยกัน ทำให้ มีการปรับโครงสร้างลีกและสโมสรเกิดขึ้น โดยในฤดูกาลนี้ ทางสมาคมฯ ในฐานะผู้รับผิดชอบจัดการแข่งขัน จึงได้มีการกำหนดจำนวนทีมและการจัดการแข่งขันร่วมกับทาง กกท. โดยจะให้ทีมสโมสรชนะเลิศและรองชนะเลิศ ของการแข่งขัน โปรลีก 2549 เข้าร่วมการขันของสมาคมฯ ร่วมกับ สโมสรที่แข่งขัน ไทยลีก 2549 อยู่ก่อนแล้ว โดยจะให้มีสโมสรตกชั้นลงไปแข่งขันในดิวิชั่น 1 4 สโมสรเมื่อจบฤดูกาล