หลังจากนั้นในปีพุทธศักราช 2503 ศาสตราจารย์เกียรติคุณ ไพฑูรย์ ได้เข้ารับราชการเป็นอาจารย์สอนวิชาสัตวบาลและการเลี้ยงไก่ รวมทั้งวิชาพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ชีวภาพให้คณะวิทยาศาสตร์ และคณะประมง มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิชาที่ ศาสตราจารย์ ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ จำเป็นต้องให้ความสนใจมาก และรับสอนเป็นวิชาแรกในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์คือ วิชาภาษาอังกฤษทางเทคนิคสำหรับการเกษตร โดยมีความเห็นว่า เป็นวิชาที่สำคัญสำหรับผู้ที่จะเรียนจบออกไปทำงาน และจำเป็นต้องรับสอน เพราะอาจารย์มีไม่พอในขณะนั้น ในระหว่างที่รับราชการอยู่ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์นั้น ศาสตราจารย์ ดร. ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ ได้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาสัตวบาลอยู่ 4 ปี (พ.ศ. 2511 - 2515) แต่เนื่องจาก ศาสตราจารย์ ดร. ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ เป็นผู้ที่มีความคิดความอ่านกว้างไกล ใฝ่หาความรู้อยู่เสมอ มีความละเอียดรอบคอบในการทำงาน คุณสมบัติเหล่านี้ จึงทำให้ผู้บริหารมหาวิทยาลัยในสมัยนั้น ได้เชิญไปช่วยงานบริหารในฐานะผู้ช่วยรองอธิการบดี และต่อมาเป็นรองอธิการบดีอยู่อีก 8 ปี (พ.ศ. 2515 - 2523) ก่อนที่จะเป็นอธิการบดีอีก 2 ปี ในช่วงนั้นเป็นระยะที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีการเปลี่ยนแปลงอีกก้าวหนึ่งที่สำคัญคือ ได้รับอนุมัติจากรัฐบาลให้ทำโครงการเงินกู้จากธนาคารโลกเพื่อการพัฒนามหาวิทยาลัย และการก่อตั้งวิทยาเขตแห่งแรกคือ วิทยาเขตกำแพงแสน ศาสตราจารย์ ดร. ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ ได้ทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยงานอย่างสำคัญคนหนึ่งของอธิการบดีในสมัยนั้น คือ ศาสตราจารย์อินทรี จันทรสถิตย์ จนถึงสมัยของพระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าจักรพันธ์เพ็ญศิริ และสืบเนื่องมาตลอดสมัยของศาสตราจารย์ระพี สาคริก ปัญหาอุปสรรคมากมายหลายเรื่องในระยะนั้น จึงได้ผ่านพ้นไปด้วยดี ในด้านงานวิจัยนั้น ศาสตราจารย์ ดร. ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ ได้ให้ทัศนะว่า

ศาสตราจารย์เกียรติคุณ ดร.ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ ได้ทำงานให้กับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จนเกษียณอายุราชการในปีพุทธศักราช 2535