ทางด้านครอบครัว ศาสตราจารย์เกียรติคุณ ไพฑูรย์ อิงคสุวรรณ สมรสกับ นางจารุวัณณ์ อิงคสุวรรณ(สกุลเดิม ถิระวัฒน์) มีบุตร-ธิดา 2 คน ได้แก่

1. นางสาวสุขุมาล อิงคสุวรรณ
2. พันเอกนิธิ อิงคสุวรรณ สมรสกับ นางวรรณวิไล อิงคสุวรรณ(สกุลเดิม เจริญลาภ) มีบุตร 3 คน คือ

• ด.ช.หัสชัย อิงคสุวรรณ
• ด.ช.ภัทรกร อิงคสุวรรณ
• ด.ช.ศรัณ อิงคสุวรรณ