ไพโรจน์ นิงสานนท์ เคยรับราชการประจำกระทรวงสาธารณสุข เคยดำรงตำแหน่งปลัดกระทรวงสาธารณสุข[1] ต่อมาเขาได้รับแต่งตั้งให้เป็นที่ปรึกษาคณะรักษาความสงบเรียบร้อยแห่งชาติ ซึ่งมีนายบุญชนะ อัตถากร เป็นประธาน ต่อจากนั้นเขาได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในรัฐบาลนายอานันท์ ปันยารชุน เมื่อปี พ.ศ. 2534[2] และปี พ.ศ. 2535[3]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2549 นายไพโรจน์ ได้ร่วมกันลงนามทูลเกล้าฯ ถวายฎีกาขอนายกรัฐมนตรีพระราชทาน เมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2549 โดยอ้างอิงความตามมาตรา 7 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540[4]