ไฟนอลแฟนตาซี VI ใช้ระบบที่เรียกว่าผลึกอสูร ตัวละครจะสามารถเรียนรู้เวทมนตร์คาถาต่างๆได้จากการสวมผลึกอสูรไว้กับตัว โดยอสูรแต่ละตัวก็จะให้เวทมนตร์ที่ต่างกันออกไป ซึ่งภาคนี้ เป็นภาคที่มีอสูรให้ใช้มากที่สุดในบรรดาเกมตระกูลไฟนอล แฟนตาซี

นอกจากนี้ ไฟนอลแฟนตาซี VI ยังเป็นภาคเดียวที่ไม่มีการกำหนดตัวพระ-นางที่แน่นอน ตัวละครแต่ละตัวก็มีเอกลักษณ์ของตนเองและภูมิหลังที่ต่างกัน ผู้เล่นจะเลือกให้ใครเป็นตัวละครเอกก็ได้ตามต้องการ โดยแต่ละตัวก็จะมีความสามารถเฉพาะแตกต่างกัน เรียกว่าคอมมานด์ประจำตัว (Command) ใช้ช่วยเหลือในการเล่นไปตลอดทั้งเกม