ไฟนอลแฟนตาซี VI เล่าถึงโลกยุค 1000 ปีให้หลังจากมหาสงครามเวทมนตร์ในอดีต ซึ่งส่งผลให้พลังเวทมนตร์และสัตว์อสูรทั้งหลายถูกปิดผนึกเอาไว้ กระทั่งถูกลืมไปในที่สุด กลายเป็นโลกที่พัฒนาขึ้นด้วยพลังทางวิทยาศาสตร์ เครื่องจักรไอน้ำถูกนำมาใช้งาน เป็นการเริ่มต้นยุคใหม่ของมนุษยชาติอย่างแท้จริง แต่ยังมีดินแดนแห่งหนึ่งที่ชื่อว่าอาณาจักรกัสโทร่า นำโดยจักพรรดิกัสโทร่าผู้ละโมบ ได้ค้นพบพลังเวทมนตร์ที่ถูกผนึกไว้ในรูปของผลึกอสูร (魔石 ; Magicite) และนำมันมารวมกับเครื่องจักรไอน้ำกลายเป็นพลังงานใหม่ที่เรียกว่า เครื่องจักรเวทมนตร์ (Magitek) กัสโทร่าได้ดำเนินการขยายอาณาจักรในรูปของการล่าอาณานิคม ทำให้เกิดกลุ่มต่อต้านที่เรียกว่ารีเทิร์นเนอร์ขึ้น โดยการรวมกำลังอย่างลับๆ และมีสมาชิกแฝงอยู่ตามเมืองต่างๆทั่วทุกมุมโลก

ทีน่า แบรนฟอร์ด คือเด็กสาวผู้สามารถใช้เวทมนตร์ได้ และถูกชุบเลี้ยงขึ้นมาโดยจักวรรดิกัสโทร่า บัดนี้เธอมีอายุได้ 18 ปี ถึงเวลาออกปฏิบัติภารกิจแรกของเธอแล้ว นั่นคือการได้รับมอบหมายให้ไปแย่งชิงผลึกอสูรที่ถูกเก็บซ่อนไว้ในเมืองอุตสาหกรรมนาร์เช่ ระหว่างนั้นเกิดอุบัติเหตุขึ้นทำให้ทีน่าสูญเสียความทรงจำไป และเธอถูกช่วยเหลือไว้โดยสมาชิกคนหนึ่งของกลุ่มปฏิวัติรีเทิร์นเนอร์ ด้วยความสามารถด้านการใช้เวทมนตร์ของเธอ ทำให้เธอกลายเป็นกุญแจสำคัญที่จะใช้ต่อสู้กับจักวรรดิอันโหดร้าย และนำความสงบสุขกลับคืนมายังโลกในที่สุด