เมืองไมเซิน เป็นที่รู้จักกันในฐานะจุดเริ่มต้นของรัฐซัคเซิน มีหลักฐานทางประวัติศาสตร์ถึงการตั้งรกรากของกลุ่มมิสนีกลุ่มแรกในบริเวณนี้ที่เมืองไมเซนตั้งแต่ยุคสลาวิก ต่อมาในปี ค.ศ. 929จึงได้ถูกผนวกเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิ์เยอรมนี ซึ่งตรงกับยุคของกษัตริย์เฮนรี นักล่า เป็นผู้ปกครองจักรวรรดิ์เยอรมนีในขณะนั้น

ต่อมาในปี ค.ศ. 968 ได้มีการจัดตั้งมุขมณฑลไมเซินขึ้น มีมุขนายกเป็นประมุขฝ่ายศาสนจักร และศาสนจักรมีบทบาทสำคัญต่อเมืองจนกระทั่งในปี ค.ศ. 1559 ได้เกิดการปฏิรูปศาสนาฝ่ายโปรเตสแตนต์ โดยความสนับสนุนของเจ้าผู้ครองสหพันธรัฐแซกโซนี (Elector) เป็นเหตุให้มุขมณฑลไมเซินถูกยกเลิกไปเมือปี ค.ศ. 1581 แต่กระนั้นระบบมุขมณฑลของโรมันคาทอลิกในรัฐซัคเซิน ได้จัดตั้งขึ้นอีกครั้งในปี ค.ศ. 1921 ณ เมืองเดรสเดิน และคงอยู่มาจนปัจจุบัน

การปกครองโดยระบบขุนนางในไมเซิน ได้เริ่มในปี ค.ศ 968 เช่นกัน โดยเมืองไมเซน มีฐานะเป็นเมืองหลวง มีประชนชนกว่า 1,000 ครัวเรือนตั้งรกรากอยู่ในเขตใจกลางเมือง ต่อมาในปี ค.ศ. 1018เมืองไมเซนถูกมอบให้เป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรโปแลนด์ และได้กลับมาเป็นส่วนหนึ่งของเยอรมนีอีกครั้งในปี ค.ศ. 1332

วิหารไมเซิน เริ่มสร้างในปี ค.ศ. 1260 บนเนินเขาเดียวกันกับปราสาทอัลเบรชท์สบูร์ก และด้วยข้อจำกัดเรือ่งสถานที่ ทำให้วิหารไมเซิน เป็นหนึ่งในวิหารที่เล็กที่สุดในยุโรป

ในยุคสมัยฮิตเลอร์ปกครองเยอรมัน ไมเซน เป็นอีกเมืองที่มีค่ายกักกันเชลยศึกที่นี่ โดยมีชื่อว่าค่ายกักกันโฟลสเซนเบอรก[1]