เมืองไมเซิน ตั้งอยู่บนริมฝั่งแม่น้ำเอลเบ อยู่ห่างจากเดรสเดิน เมืองหลวงของรัฐซัคเซิน ไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือประมาณ 25 กิโลเมตร และห่างจากเมืองไลพ์ซิกไปทางทิศตะวันออก ประมาณ 100 กิโลเมตร เมืองไมเซนตั้งอยู่เหนือระดับน้ำทะเล 95 เมตร

เมืองไมเซน ประกอบด้วยเมืองต่าง ๆ ดังนี้ เมืองเก่า โพลสเซน เคิลลน์ เควสเทนเบอรก ทรีบิซทาลและบุซบาด โบห์นิทซ์ สปาร์ ทซาเซนดอร์ฟ เลอร์คา นีเดอร์แฟห์เร่ ไทซ-ลา โคลสเทอร์เฮาเซอร์ วิงวิทซ์ โปรซวิทซ์ และ ร๊อตเทวิทซ์