ไวรัสซิกาอยู่ในสกุลเฟลวิวิริเด่ (Flaviviridae) และวงศ์เฟลวิไวรัส (Flavivirus) ดังนั้นจึงมีความเชื่อมโยงกับไวรัสที่ทำให้เกิดไข้เด็งกี ไข้เหลือง ไข้สมองอักเสบ และ ไข้ไนล์ตะวันตก เช่นเดียวกับไวรัสอื่นๆในในวงศ์เฟลวิไวรัส ไวรัสซิกานั้นถูกห่อหุ้ม มีทรงยี่สิบหน้า และยังมีกลุ่มยีนเป็นอาร์เอ็นเอสายเดี่ยวแบบบวก ไวรัสนี้เกี่ยวข้องกับไวรัสสปอนด์เวนี และเป็นหนึ่งในสองไวรัสในเครือบรรพบุรุษของไวรัสสปอนด์เวนี[15][16]

กลุ่มยีนอาร์เอ็นเอแบบบวกสามารถถูกแปลโดยตรงไปเป็นโปรตีนไวรัส ไวรัสในวงศ์เฟลวิไวรัส เช่นไวรัสไข้ไนล์ตะวันตกซึ่งมีขนาดใกล้เคียงกัน กลุ่มยีนอาร์เอ็นเอเข้ารหัสโปรตีนโครงสร้าง 3 แบบ และโปรตีนที่ไม่ใช่โครงสร้าง 7 แบบ โปรตีนโครงสร้างเป็นตัวห่อหุ้มไวรัส อาร์เอ็นเอที่ถูกทำสำเนาถูกยึดไว้ในนิวคลีโอแคพซิด สร้างจากบล็อคโปรตีนขนาด 12-kDa แคพซิดนั้นอยู่ในเยื้อหุ้มที่มาจากโฮสท์ซึ่งถูกปรับแต่งด้วยไกลโคโปรตีนไวรัสสองแบบ การแบ่งตัวของกลุ่มยีนไวรัสนั้นเริ่มจากการสร้างเส้นนิวคลีโอไทด์[ต้องการอ้างอิง]

ไวรัสซิกามีอยู่ด้วยกันสองสายพันธุ์ สายพันธุ์แอฟริกา และสายพันธุ์เอเชีย[17] การศึกษาวัฒนาการชี้ว่าไวรัสที่กำลังแพร่กระจายในสหรัฐอเมริกานั้นใกล้เคียงกับเชื้อสายเอเชียมากซึ่งเคยระบาดที่เฟรนช์โปลินีเซียใน พ.ศ. 2556–2557[17][18] ลำดับกลุ่มยีนโดยสมบูรณ์ของไวรัสซิกาได้ถูกเผยแพร่แล้ว[19] ไวรัสซิกาในซีกโลกตะวันตกถูกพบว่าเหมือนกับสายพันธุ์แอฟริกาถึง 89% แต่ใกล้เคียงกับสายพันธุ์ที่พบในเฟรนช์โปลินีเซียช่วง พ.ศ. 2556 - 2557 มากที่สุด[20]