ไอพอดนาโนใช้งานร่วมกับคอมพิวเตอร์ที่มีระบบปฏิบัติการแม็ค (Mac OS X) และไมโครซอฟท์ วินโดวส์ที่มีโปรแกรมไอทูนส์ (iTunes) ได้ โดยต่อเข้ากันโดยแท่นพักที่ต่อเข้ากับเครื่องด้วย ยูเอสบี 2.0 พอร์ท นาโนยังมีนาฬิกาจับเวลาและนาฬิกาหลายโซนเวลา (นาฬิกาโลก) และสามารถล็อกปุ่มกดด้วยการกดปุ่มตามลำดับหรือโดยการใช้รหัสผ่าน มันเป็นไอพอดรุ่นแรกที่แสดงเนื้อเพลงได้ ซึ่งต้องทำการปรับแต่งด้วยโปรแกรมไอทูนส์ได้