ดังที่กล่าว ไอพอดนาโนใช้หน่วยความจำแฟลช แทนฮาร์ดดิสค์ที่ใช้ในไอพอดรุ่นก่อนมัน ซึ่งทำให้หน่วยความจำยึดติดถาวร ไม่สามารถถอดประกอบได้ ฉะนั้นจึงป้องกันการกระตุกโดยสิ้นเชิง และสภาพการใช้งานทนทานกว่าการใช้เครื่องเล่นซีดีทุกแบบ

แต่ไอพอดนาโนนั้นมีขนาดความจุสูงสุดต่ำกว่าของไอพอด มินิแต่ราคานั้นยังคงเท่าเดิม อีกทั้งไอพอดรุ่นนี้ยังขาดทางเลือกทางอุปกรณ์เสริมอีกมาก ต่างจากรุ่นก่อนๆ มัน และการที่มันขาดตัวต่อแบบรีโมตที่มีในนาโนและไอพอด (ใหญ่) ทำให้มันไม่สามารถรองรับอุปกรณ์เสริมที่ไม่ได้มาจากแอปเปิลได้ มันยังขาดความสามารถในการต่อเข้ากับเครื่องโทรทัศน์และการบันทึกเสียงที่พบได้ในไอพอดที่ใหญ่กว่า และอีกสิ่งที่นาโนด้อยกว่าคือความสามารถในการเก็บรูปภาพ ซึ่งมันไม่สามารถรองรับการต่อเข้ากับโปรแกรมต่อกล้องไอพอดของแอปเปิล หรือโปรแกรมเชื่อมและเคลื่อนย้ายรูปใดๆ