กระทรวงป้องกันประเทศ (ญี่ปุ่น: 防衛省 โบเอ-โช) เป็นกระทรวงของรัฐบาลญี่ปุ่น รับผิดชอบด้านการรักษาความสงบ อิสรภาพของประเทศญี่ปุ่น ตลอดจนความมั่นคงแห่งชาติ ในฐานะฝ่ายนโยบายของกองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่น กระทรวงนี้ถือเป็นกระทรวงที่มีบุคลากรมากที่สุดของญี่ปุ่น อยู่ภายใต้การกำกับของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงป้องกันประเทศ ซึ่งรัฐธรรมนูญกำหนดว่าต้องเป็นพลเรือนเท่านั้น[1] ที่ทำการกระทรวงตั้งอยู่ในแขวงชินจูกุ กรุงโตเกียวในสมัยจักรวรรดิญี่ปุ่น กระทรวงทางทหารของญี่ปุ่นแบ่งเป็นสองกระทรวง ได้แก่กระทรวงทหารบก (陸軍省) และกระทรวงทหารเรือ (海軍省) ทั้งสองกระทรวงถูกยุบในค.ศ. 1945 เมื่อญี่ปุ่นพ่ายแพ้สงครามโลกครั้งที่สอง หลังจากนั้น การทหารญี่ปุ่นก็ถูกสหรัฐปลดอาวุธช่วงหนึ่ง ต่อมาในปีค.ศ. 1954 มีการจัดตั้งส่วนราชการที่ชื่อว่า "กรมป้องกันประเทศ" (防衛庁) สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี เพื่อกำกับดูแลกิจการทหารในประเทศ สภานิติบัญญัติแห่งชาติญี่ปุ่นผ่านกฎหมายให้ยกฐานะกรมป้องกันประเทศ ขึ้นเป็นกระทรวงที่มีอำนาจเต็มชื่อว่า "กระทรวงป้องกันประเทศ" (防衛省) เมื่อวันที่ 9 มกราคม ค.ศ. 2007 พึงสังเกตุว่าส่วนราชการนี้ไม่ได้ใช้ชื่อว่ากระทรวงกลาโหม (国防省 โคกุโบ-โช) เหมือนประเทศส่วนใหญ่