ดร.กฤษณพงศ์ กีรติกร เริ่มรับราชการที่สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี และได้เลื่อนตำแหน่งก้าวหน้าเรื่อยมา อาทิ หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า ประธานสายวิชาเทคโนโลยีวัสดุ คณบดีคณะวิศวกรรมศาสตร์ คณบดีคณะพลังงานและวัสดุ รักษาการคณบดีคณะเทคโนโลยีสารสนเทศ รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและวิเทศสัมพันธ์ และตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี

นอกจากนี้ยังได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอื่นๆ นอกเหนือจากในมหาวิทยาลัยอีกหลายตำแหน่ง เช่น รองผู้อำนวยการศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ (พ.ศ. 2529 - 2541) ที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา[5]

ปัจจุบันดำรงตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์และนายกสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา[6] และกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรรมการบริหารสถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร[7]

การทำงานในคณะกรรมการปฏิรูปประเทศ

ดร.กฤษณพงศ์ กีรติกร ได้เข้ามารับหน้าที่เป็นคณะกรรมการปฏิรูปประเทศ ภายหลังการชุมนุมของกลุ่มคนเสื้อแดง พ.ศ. 2553 ยุติลง ในช่วงเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2553 โดยทำหน้าที่ยกร่างแผนปฏิบัติการที่สามารถนำไปปฏิบัติ และแก้ไขปัญหาความอยุติธรรม และความเหลื่อมล้ำที่เกิดขึ้น ซึ่งคณะกรรมการดังกล่าวประกอบด้วยคณะกรรมการ จำนวน 19 คน ทำงานคู่ขนานไปกับคณะกรรมการสมัชชาปฏิรูปประเทศ [8]

หลังการยึดอำนาจการปกครอง พ.ศ. 2557

ภายหลังการรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 ของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ดร.กฤษณพงศ์ ได้รับแต่งตั้งเป็นคณะกรรมการสรรหาสมาชิกสภาปฏิรูปแห่งชาติ ด้านการศึกษา และต่อมาเมื่อวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2557 ดร.กฤษณพงศ์ ได้รับพระบรมราชโองการโปรดเกล้าแต่งตั้งให้เป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในรัฐบาลของพลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา กระทั่งพ้นจากความเป็นรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2558[9]