กฤษณพงศ์ กีรติกร สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลายจากโรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา ระดับปริญญาตรี B.Sc.First Class Hons. Electrical Engineering (เกียรตินิยมอันดับ 1) ในปี พ.ศ. 2511 และปริญญาเอกด้านวัสดุวิศวกรรมไฟฟ้า แขนงวิศวกรรมไมโครเวฟ จากมหาวิทยาลัยกลาสโกว์ สหราชอาณาจักร

นอกจากนี้ ดร.กฤษณพงศ์ กีรติกร ยังสำเร็จการศึกษาหลังปริญญาเอก ได้รับประกาศนียบัตรหลังปริญญาเอก Cert. Alternative Energy จาก มหาวิทยาลัยฟลอริดา สหรัฐอเมริกา

ในปี พ.ศ. 2553 มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี ได้มอบปริญญาวิศวกรรมศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ ให้แก่ ดร.กฤษณพงศ์ กีรติกรอีกด้วย[4]