คำว่าฟินโน-ยูกริกยังเป็นที่โต้แย้ง โดยนักภาษาศาสตร์เชิงประวัติศาสตร์เห็นว่ากลุ่มภาษาฟินโน-เปอร์มิกมีความห่างไกลจากกลุ่มภาษายูกริก เช่นเดียวกับที่แตกต่างจากกลุ่มภาษาซาโมเยดิกในไซบีเรีย ซึ่งในอดีตเคยคาดการณ์ว่ากลุ่มภาษาซาโมเยดิกได้แยกตัวออกไปก่อนด้วยการถูกกีดขวางทางภูมิศาสตร์ แล้วจึงแตกออกเป็นกลุ่มภาษาฟินโน-เปอร์มิกและกลุ่มภาษายูกริกในภายหลัง แต่ไม่มีหลักฐานทางภาษาศาสตร์สนับสนุน

ด้วยข้อเท็จจริงที่ว่ากลุ่มภาษาฟินโน-ยูกริกต่างจากภาษาอื่นในยุโรปเพราะไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของตระกูลภาษาอินโด-ยูโรเปียน จึงเป็นเหตุผลแรกๆที่รวมภาษาเหล่านี้เข้าด้วยกันเป็นกลุ่มภาษาฟินโน-ยูกริก