กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนใช้เทคนิดในการสแกนชนิดเดียวกันกับกล้อง Scanning Electron Microscope (SEM) ซึ่งเป็นการสแกนแบบแรสเตอร์ (raster scanning) คือ สเแกนเป็นแบบเส้นแนวนอนทีละเส้นหลายๆเส้นจนกระทั่งได้ภาพ 2 มิติ กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนนั้นมีข้อดีกว่ากล้อง Atomic Force Microscope (AFM) และ Scanning Tunneling Microscope (STM) คือไม่จำเป็นต้องใช้ปลายแหลมสำหรับทดสอบ(probe) ที่ต้องลอยเหนือชิ้นเนื้อในระดับนาโนเมตรในขณะที่กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนมีระยะห่างระหว่างชิ้นเนื้อกับเลนส์วัตถุ (working distance) ในระดับไมโครเมตรหรือมิลลิเมตร ซึ่งทำให้มีพื้นที่ในการใช้งานได้มากกว่า

กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนนั้นใช้แหล่งกำเนิดแสงเลเซอร์แบบจุดแล้วโกัสลำแสงเลเซอร์ไปยังชิ้นเนื้อตัวอย่าง ดังนั้นปริมาตรในการสแกนและความเข้มของแสงสะท้อนในการสแกนแต่ละจุดนั้นขึ้นอยู่กับขนาดของจุดโฟกัส (spot size) ของระบบแสง เพราะว่าจุดโฟกัสที่เกิขึ้นจริงไม่ใช่จุดที่มีขนาดเล็กมากเช่นในอุดมคติ แต่มีขนาดแบบ 3 มิติในรูปแบบของการกระจายแสง ในกล้องจุลทรรศน์แบบนั้นขนาดของจุดโฟกัสขึ้นอยู่กับ Numerical Aperture (N.A.) ของเลนส์วัตถุและความยาวคลื่นของแสงเลเซอร์ที่นำมาใช้ อย่างไรกล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนนั้นสามารถกำจัดรูปแบบการเบี่ยงเบนลำแสงลำดับสูงๆลำแสง (higher order of difdfraction pattern) ที่มีผลต่อภาพได้ โดยการลดขนาดของรูรับแสงลง อย่างเช่นถ้าเราลดขนาดของรูรับแสงลงเหลือ 1 Airy unit จะทำให้แสงที่ผ่านมายังตัวรับแสงเป็นรูปแบบการเบี่ยงเบนลำแสงลำดับแรก (first order of difraction pattern) เท่านั้น ทำให้ภาพมีความคมชัดสูงขึ้นโดยแลกกับแสงที่มีความเข้มลดลงเพียงเล็กน้อยเท่านั้น ในการถ่ายภาพฟลูออเรสเซ็นต์ข้อจำกัดเพียงอย่างเดียวคืออัตราส่วนระดับสัญญาณต่อสัญญาณรบกวน (signal to noise ratio) เพราะว่าแสงที่ผ่านเข้ามายังตัวรับแสงน้อย แต่ก็ยังมีวิธีการแก้ไขปัญหานี้อยู่คือ ใช้ตัวรับแสงที่มีความไวสูง หรือเพิ่มความเข้มของแหล่งกำเนิดแสง แต่การเพิ่มความเข้มของแหล่งกำเนิดแสงอาจทำให้อายุของการสะท้อนแสงของสีย้อมฟลูออเรสเซ็นหมดลงเร็ว หรืออาจทำลายชิ้นเนื้อได้