กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนถูกใช้งานอย่างกว้างขวางในระเบียบการทำงานทางชีววิทยา ตั้งแต่ชีววิทยาระดับเซลล์, ยีน หรือ ชีววิทยาระดับไมโคร รวมทั้งการพัฒนาระบบชีววิทยา

การแพทย์ระดับคลีนิค กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนถูกใช้ในการวินิจฉัยโรคภัยต่างๆ โดยเฉพาะถูกใช้ในการถ่ายภาพและวิเคราะห์คุณภาพ[7] รวมทั้งยังถูกใช้ในการระบุตำแหน่งและระบุลักษณะของเชื้อโรคต่างๆ ทำให้สามารถวินิจฉัยได้รวดเร็วขึ้นและสามารถทราบได้แม้จะเป็นในระยะเริ่มแรกก็ตาม เพื่อที่จะได้บำบัดรักษาได้ทันท่วงที

ทั้งนี้ยังมีการค้นคว้าเพื่อนำกล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนไปใช้เป็น endoscope เพื่อใช้ตรวจภายในร่างกาย[8] นอกจากนี้การนำเอาระบบไฟฟ้าเครื่องกลจุลภาคมาใช้ร่วมกับ endoscope ที่ใช้หลักการแบบเดียวกับกล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนนั้นเป็นการเพิ่มความสามารถให้กล้อง endoscope ให้มีขนาดเล็กลงและมีความเร็วในการบันทึกภาพสูงขึ้นด้วย

อุตสาหกรรมเภสัชกรรมได้นำกล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนไปใช้สำหรับการตรวจสอบการผลิตแผ่นฟิล์มขนาดบางเพื่อตรวจสอบว่าการกระจายตัวของยานั้นเป็นไปตามต้องการหรือไม่[9]

กล้องจุลทรรศน์แบบคอนโฟคอลชนิดที่ใช้เลเซอร์ในการสแกนยังมีการนำไปใช้ในการอ่านข้อมูลในระบบการเก็บข้อมูลโดยใช้แสงแบบ 3 มิติ (3D optical data storage)