กล้ามเนื้อต้านจะทำหน้าที่ตรงข้ามคู่กับกล้ามเนื้อทำการ เราเรียกกล้ามเนื้อทั้งสองนี้ว่า คู่กล้ามเนื้อต้าน (antagonistic pair) ซึ่งเป็นคู่กล้ามเนื้อที่ทำงานตรงข้ามกัน ตัวอย่างเช่น กลุ่มกล้ามเนื้อเหยียด (extensor muscle) ซึ่งทำหน้าที่กางข้อต่อ (เปิดมุมของข้อต่อให้กว้างขึ้น) เป็นคู่กล้ามเนื้อต้านกับกลุ่มกล้ามเนื้องอ (flexor muscle) ซึ่งทำงานตรงข้ามกัน

คู่กล้ามเนื้อต้านมีความจำเป็นต่อการเคลื่อนไหวของร่างกาย เพราะกล้ามเนื้อนั้นมีความสามารถเพียงแค่หดตัวให้เกิดแรงดึง แต่ไม่สามารถดันให้กลับไปสู่ตำแหน่งเดิมด้วยตัวเองได้ ต้องอาศัยกล้ามเนื้อต้านช่วยดึงกระดูกกลับ ตัวอย่างของคู่กล้ามเนื้อที่รู้จักกันดีคือกล้ามเนื้อไบเซ็ปส์ เบรกิไอ และไตรเซ็ปส์ เบรกิไอ เมื่อกล้ามเนื้อไบเซ็ปส์ที่ด้านหน้าของต้นแขนหดตัว กล้ามเนื้อไตรเซ็บที่อยู่ท้องแขนจะคลายตัวและพร้อมที่จะหดตัวเพื่อดึงปลายแขนกลับตำแหน่งเดิม และจะทำงานกลับกันเมื่อกล้ามเนื้อไตรเซ็บหดตัว