หลังจากก่อตั้งองค์กรปลดปล่อยปาเลสไตน์ที่นำโดยอะห์หมัด ชูเกยรี องค์กรนี้อยู่ภายใต้อิทธิพลของชาติอาหรับโดยเฉพาะรัฐบาลอียิปต์ที่นำโดยนัสเซอร์ ชาวปาเลสไตน์ไม่ได้ควบคุมองค์กรนี้อย่างแท้จริง จนกระทั่งยัสเซอร์ อาราฟัตที่มาจากกลุ่มฟาตะห์ปลดแอกการควบคุมของนัสเซอร์ได้ใน พ.ศ. 2511 – 2512 ซึ่งเป็นช่วงที่ชาติอาหรับพ่ายแพ้ในสงครามหกวัน และองค์กรติดอาวุธของปาเลสไตน์มีความสำคัญมากขึ้น

กองทัพปลดปล่อยปาเลสไตน์มีกองทหารที่สำคัญสามส่วนคือ ไอยนฺ ญาลุตในอียิปต์ กายิดชียะห์ในอิรัก ต่อมาย้ายไปจอร์แดนเมื่อ พ.ศ. 2510 และฮัตตันในซีเรียเนื่องจากเป็นกองทัพขนาดใหญ่ กองทัพปลดปล่อยปาเลสไตน์แบ่งย่อยเป็น 8 กองทัพ มีทหารทั้งหมดราว 12,000 คน ใน พ.ศ. 2511 ตั้งกองกำลังปลดปล่อยปาเลสไตน์เพื่อเป็นหน่วยคอมมานโดในการต่อต้านอิสราเอลในฉนวนกาซาที่อิสราเอลเข้ายึดครองเมื่อ 1 ปีก่อนหน้านั้น

กองทัพเหล่านี้มีทีมงานเป็นผู้อพยพชาวปาเลสไตน์ภายใต้การควบคุมของประเทศผู้ให้อาศัย ซึ่งใช้บริการของหน่วยติดอาวุธนี้แทน จริงๆแล้ว กองทัพปลดปล่อยปาเลสไตน์อยู่ภายใต้การสั่งการของแผนกกองทัพขององค์กรปลดปล่อยปาเลสไตน์ แต่ในทางปฏิบัติไม่เคยควบคุมได้จริงๆ