กองบังคับการปฏิบัติการพิเศษ ประกอบไปด้วย 1 ฝ่าย 9 กองกำกับการ ประกอบไปด้วย[13]

• ฝ่ายอำนวยการ รับผิดชอบงานบริหารและธุรการ ปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่กรุงเทพมหานคร
• กองกำกับการ 1 มีเขตอำนาจความรับผิดชอบในพื้นที่กรุงเทพมหานคร
• กองกำกับการ 2 มีเขตอำนาจความรับผิดชอบในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ตำรวจภูธรภาค 1 และตำรวจภูธรภาค 2
• กองกำกับการ 3 มีเขตอำนาจความรับผิดชอบในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ตำรวจภูธรภาค 3 และตำรวจภูธรภาค 4
• กองกำกับการ 4 มีเขตอำนาจความรับผิดชอบในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ตำรวจภูธรภาค 5 และตำรวจภูธรภาค 6
• กองกำกับการ 5 มีเขตอำนาจความรับผิดชอบในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ตำรวจภูธรภาค 7 ตำรวจภูธรภาค 8 และตำรวจภูธรภาค 9
• กองกำกับการ 6 ดูแลงานด้านการฝึกอบรมและจิตอาสาพระราชทาน มีเขตอำนาจความรับผิดชอบทั่วราชอาณาจักร
• กองกำกับการวิเคราะห์ข่าวและเครื่องมือพิเศษ มีเขตอำนาจความรับผิดชอบทั่วราชอาณาจักร
• กองกำกับการต่อต้านการก่อการร้าย มีเขตอำนาจความรับผิดชอบทั่วราชอาณาจักร
• กองกำกับการสายตรวจ มีเขตอำนาจความรับผิดชอบทั่วราชอาณาจักร