กองบังคับการปฏิบัติการพิเศษ มีภารกิจหลักในการถวายความปลอดภัยองค์พระมหากษัตริย์ พระราชินี พระรัชทายาท พระบรมวงศานุวงศ์ตั้งแต่ชั้นพระองค์เจ้าขึ้นไป ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ผู้แทนพระองค์ซึ่งเป็นพระบรมวงศานุวงศ์ตั้งแต่ชั้นพระองค์เจ้าขึ้นไป และบุคคลที่ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ รับเป็นพระราชอาคันตุกะ รวมไปถึงการรักษาความปลอดภัยในขณะที่เสด็จไปปฏิบัติพระราชกรณียกิจต่าง ๆ และประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการรักษาความปลอดภัย

รักษาความสงบเรียบร้อยในพื้นที่โดยรอบเขตพระราชฐาน รวมไปถึงการควบคุมฝูงชนและปราบปรามการก่อจลาจล การตรวจพิสูจน์และเก็บกู้วัตถุระเบิดที่อยู่โดยรอบเขตพระราชฐาน ปฏิบัติการด้านการข่าวต่อภัยคุกคามที่เป็นภัยต่อความมั่นคงและองค์พระมหากษัตริย์ และงานจิตอาสาพระราชทานตามที่ได้รับมอบหมาย[14][15]

นอกจากนี้ยังรวมไปถึงหลักของตำรวจในการปฏิบัติงานตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา เช่นเดียวกับตำรวจทั่วไป โดยจะเน้นไปที่การต่อต้านการก่อการร้าย และการสนับสนุนการปฏิบัติการทางยุทธวิธีในการปราบปรามอาชญากรรมให้กับกองบัญชาการตำรวจสอบสวนกลาง[16] โดยมีขอบเขตการปฏิบัติการทั่วราชอาณาจักร[17]