มอเช เยการ์ นักประวัติศาสตร์ชาวอิสราเอลได้กล่าวว่าขบวนการแบ่งแยกดินแดนมุญาฮิดีนในยะไข่เกิดขึ้นเพราะนโยบายของรัฐบาลที่กดดันต่อชาวมุสลิมโรฮีนจา โดยสาเหตุของปัญหาได้แก่ หลังจากที่พม่าประกาศเอกราช มุสลิมไม่ได้รับการยอมรับในราชการทหาร รัฐบาลพม่าได้รับชาวยะไข่ซึ่งต่อต้านชุมชนมุสลิมเข้ามาเป็นตำรวจและเจ้าหน้าที่แทนชาวมุสลิม มุสลิมถูกทหารและตำรวจจับตามอำเภอใจ การประกาศให้ศาสนาพุทธเป็นศาสนาประจำชาติได้ก่อให้เกิดปัญหาแก่มุสลิมโรฮีนจา ชาวกะเหรี่ยง กะชีน และชีนที่นับถือศาสนาคริสต์ ทำให้เกิดขบวนการเคลื่อนไหวของชนกลุ่มน้อยเหล่านี้[20] เยการ์ยังได้กล่าวว่าขบวนการแบ่งแยกดินแดนมุสลิมในยะไข่เกิดขึ้นก่อนพม่าได้รับเอกราช โดยเกิดขึ้นพร้อมกับการขอแยกดินแดนมายูในรัฐยะไข่ และต้องการเป็นรัฐเอกราชของมุสลิม ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2489 มุสลิมในยะไข่ได้เรียกร้องต่อโมฮัมหมัด อาลี จินนาห์เพื่อขอให้ผนวกดินแดนของตนเข้าไปในปากีสถานที่จะตั้งขึ้นใหม่

อย่างไรก็ตาม กบฏมุญาฮิดีนเกิดขึ้นภายใต้การปกครองของอูนุซึ่งเป็นการปกครองระบอบประชาธิปไตย และชาวมุสลิมยังได้รับการยอมรับจากรัฐบาล การต่อต้านและการกดดันต่อมุสลิมเกิดขึ้นในสมัยนายพลเน วิน นอกจากนั้น ช่วงเวลาในการประกาศให้ศาสนาพุทธเป็นศาสนาประจำชาติยังไม่สอดคล้องกันเพราะพม่าประกาศให้ศาสนาพุทธเป็นศาสนาประจำชาติเมื่อ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2504 ในขณะที่กบฏมุญาฮิดีนเริ่มขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2490.[21]

เอ ชาน นักประวัติศาสตร์แห่งมหาวิทยาลัยคันดะได้เสนอว่า ขบวนการมุญาฮิดีนในยะไข่เกิดจากความรุนแรงระดับหมู่บ้านระหว่างชาวโรฮีนจากับชาวยะไข่ระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 ใน พ.ศ. 2485[22] โดยในวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2485 มุสลิมโรฮีนจาจากภาคเหนือของยะไข่ได้ฆ่าชาวพุทธยะไข่ราว 20,000 คน ในเมืองบูตีดองและหม่องด่อ ในช่วงเวลาเดียวกัน มุสลิมโรฮีนจา 5,000 คนในเมืองมีน-บยาและมเยาะอู ถูกชาวยะไข่ฆ่า[23] ความรุนแรงดังกล่าวเกิดขึ้นเพราะอังกฤษติดอาวุธให้ชาวมุสลิมทางภาคเหนือของยะไข่เพื่อสร้างเขตกันชนป้องกันการรุกรานของญี่ปุ่น[24] โดยได้สัญญาว่าหากชาวมุสลิมสนับสนุนฝ่ายสัมพันธมิตร พวกเขาจะได้รับ "พื้นที่แห่งชาติ"[25] อย่างไรก็ตาม กองกำลังของโรฮีนจากลับพยายามที่จะทำลายหมู่บ้านของชาวยะไข่แทนที่จะต่อต้านญี่ปุ่นเพียงอย่างเดียว ความขัดแย้งระหว่างยะไข่กับโรฮีนจาจึงเกิดขึ้น[22] เมื่อรัฐเอกราชใหม่ของมุสลิมคือปากีสถานกำลังจะได้รับการจัดตั้ง ชาวโรฮีนจาซึ่งขณะนั้นมีกองกำลังติดอาวุธอยู่แล้วจึงต้องการ "พื้นที่แห่งชาติ" ตามที่อังกฤษเคยสัญญาไว้ โดยขอแยกดินแดนมายูออกจากพม่าตะวันตกไปรวมกับปากีสถานตะวันออก มุญาฮิดีนได้ลุกฮือขึ้นในยะไข่ตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่ 2 และเกิดขึ้นต่อเนื่องมา