บนเกาะชวา มีขบวนรถสินค้าไม่มากนัก เนื่องจากข้อจำกัดด้านปริมาณทางรถไฟ ขบวนรถสินค้าที่สำคัญ ได้แก่ ขบวนรถสินค้า กาลีมัซ วิ่งระหว่างจาการ์ตา-ซูราบายา นอกจากนี้ยังมีขบวนรถสินค้าอื่น ๆ อาทิ ขบวนรถน้ำมัน เป็นต้น ในช่วงปีที่ผ่านมา ได้มีการพัฒนาการขนส่งสินค้าระบบรางให้ดียิ่งขึ้น โดยการนำเข้ารถจักรจีอี ซีซี 206 อีกทั้งยังสร้างทางคู่เชื่อมระหว่างจาการ์ตา-ซูราบายาอีกด้วย

ในสุมาตราใต้ มีขบวนรถไฟขนถ่านหิน ส่วนในสุมาตราตะวันตก มีขบวนรถไฟขนปูนซีเมนต์ และในสุมาตราเหนือ มีขบวนรถไฟขนน้ำมันปาล์มและยางพารา