ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2552 สำนักข่าวซีเอ็นเอ็นรายงานว่ามีผู้ลี้ภัยชาวโรฮีนจาจำนวน 1,000 คนอพยพมาจากประเทศพม่า ได้ถูกราชนาวีไทยจับกุมพร้อมทั้งถูกทารุณกรรม จากนั้นถูกจับโยนลงทะเลโดยไม่มีเรือมารับ และขาดแคลนทั้งน้ำและอาหาร เรื่องนี้อภิสิทธิ์ออกมาตอบโต้ในเบื้องต้นว่า ซีเอ็นเอ็นรายงานข่าวเกินความจริง และที่ว่าผู้ลี้ภัยเหล่านี้ใช้เรือใบโดยไม่มีเครื่องยนต์และห้องน้ำบนเรือ จนกระทั่งเจ้าหน้าที่ช่วยเหลือพวกเขาขึ้นมายังชายฝั่ง ทางพลเอก อนุพงษ์ เผ่าจินดา ผู้บัญชาการทหารบก ออกมาปฏิเสธว่าสื่อรายงานไม่ถูกต้อง[5]

วันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2552 ข้าหลวงใหญ่ผู้ลี้ภัยแห่งสหประชาชาติ (ยูเอ็นเอชซีอาร์) ออกมาขอร้องให้รัฐบาลไทยช่วยเข้าถึงตัวผู้รอดชีวิตบนเรือ 126 คนจากการดูแลของไทย[6] อภิสิทธิ์กล่าวว่า เขารู้สึกยินดีที่ได้ร่วมงานกับองค์กรระหว่างประเทศ แต่แท้ที่จริงแล้วองค์กรนี้จะต้องทำงานบนพื้นฐานของความร่วมมือกับวิธีปฏิบัติของรัฐบาลไทยที่ถูกต้อง กองทัพกล่าวว่าทางกองทัพเองไม่มีข้อมูลที่กระจ่างชัดเกี่ยวกับผู้ลี้ภัยในการควบคุมของกองทัพ[7]

นอกจากนี้สื่อยังได้รายงานผลการสอบสวนว่า ผู้ลี้ภัยเหล่านี้ได้หายตัวไปจากการกักขังที่ส่วนกลางและยังไม่พบว่าอยู่ที่ไหน ทางเจ้าหน้าที่ราชนาวีไทยให้สัมภาษณ์กับสื่อมวลชนว่า "พวกเราอาจหยุดเดินเรือหรือพวกเขาจะกลับมา ทิศทางลมจะพาพวกเขาไปยังอินเดียหรือไม่ก็ที่อื่น"[8] จากนั้นอภิสิทธิ์ให้สัญญาว่าจะดำเนินการสอบสวนผู้นำทางทหารอย่างเต็มที่ แต่ออกมาปฏิเสธข้อกล่าวหาที่หาว่าปกปิดการใช้อำนาจกองทัพไปในทางที่ผิด การสอบสวนถูกนำโดยกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน เป็นหน่วยงานที่ก่อตั้งขึ้นเพื่อต่อต้านคอมมิวนิสต์ จากนั้นได้ทบทวนเพื่อดำเนินการกับกลุ่มคนที่โฆษณาชวนเชื่อให้ต่อต้าน พ.ต.ท.ดร.ทักษิณ ชินวัตร[9] นายสุเทพ เทือกสุบรรณ รองนายกรัฐมนตรีด้านความมั่นคง เสนอแนะว่าสถานการณ์ทั้งหมดเป็นเรื่องที่ปั้นน้ำเป็นตัวขึ้นมาทั้งนั้น เพื่อทำลายภาพลักษณ์และชื่อเสียงของประเทศไทย[10] นายกษิต ภิรมย์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ กล่าวหาซีเอ็นเอ็นว่า รายงานข่าวไม่เป็นความจริงและยังเรียกร้องให้ประชาชนอย่าไปหลงเชื่อ[11][12]

แอนเจลีนา โจลี ทูตสันถวไมตรีแห่งข้าหลวงใหญ่ผู้ลี้ภัยแห่งสหประชาชาติ วิจารณ์รัฐบาลไทยว่าไม่สนใจไยดีต่อสภาพความเป็นอยู่ที่เลวร้ายของชาวโรฮีนจา และเสนอแนะว่ารัฐบาลไทยควรดูแลคนกลุ่มนี้ให้ดีกว่าตอนที่อยู่ภายใต้การควบคุมของพม่า กระทรวงการต่างประเทศออกมาตำหนิข้าหลวงใหญ่ฯ มีการบันทึกว่าข้าหลวงใหญ่ฯ ไม่มีอำนาจหน้าที่และการกล่าวว่าเรื่องนี้ไม่ควรจะอ้างถึงกระทรวงการต่างประเทศและอาคันตุกะของกระทรวงการต่างประเทศ[13][14] นายอภิสิทธิ์ถูกวิพากษ์วิจารณ์ทั้งนักวิเคราะห์ชาวไทยและชาวต่างชาติ จากการที่ออกมาปกป้องกองทัพที่ใช้จ่ายเงินในการปกป้องสิทธิมนุษยชนของผู้ลี้ภัยชาวโรฮีนจา "เราจะไม่เห็นรัฐบาลอภิสิทธิ์เจริญก้าวหน้าหลังจากกองทัพ เพราะมันเป็นผลประโยชน์ในตำแหน่งของเขา" ฐิตินันท์ พงษ์สุทธิรักษ์ นักรัฐศาสตร์กล่าว[15][16]