การทดลองของมิลแกรมนั้น ได้สร้างข้อกังขาต่างๆ เรื่องของงานวิจัยเชิงจรรยาบรรณทางการทดลองวิทยาศาสตร์ อันเนื่องมาจากความเครียดทางอารมณ์ขั้นร้ายแรง และความขัดแย้งภายในของอาสาสมัครจริง นักวิจารณ์บางท่านอย่าง จีนา เพอร์รี ได้แย้งขึ้นมาว่าอาสาสมัครจริงอาจจะไม่ได้ตั้งใจจะทำมากกว่า แต่มิลแกรมก็ได้ออกมาแย้งว่า ร้อยละ 84 จากการทำแบบสำรวจกับอาสาสมัครจริงบอกว่าพวกเขานั้น "ดีใจ" หรือ "ดีใจมากๆ" ทีได้ร่วมการทดลอง ส่วนร้อยละ 15 ก็เลือกว่า "เฉยๆ (neutral)" (จากผลการสำรวจของอาสาสมัครจริง 92%) และที่เหลือส่วนใหญ่ก็เขียนจดหมายขอบคุณ อาสาสมัครจริงหลายคนที่ออกไป ก็เขียนคำร้องมาขอเป็นผู้ช่วยกับมิลแกรมด้วย

หกปีต่อมา (อยู่ในประมาณช่วงสงครามเวียดนาม) มีอาสาสมัครจริงหนึ่งคน ได้เขียนจดหมายถึงมิลแกรม ว่าทำไมถึงดีใจ ทั้งๆ ที่เต็มไปด้วยความกดดันว่า :

ในหนังสือ Obedience to Authority: An Experimental View มิลแกรมได้แย้งต่อการโจมตีด้านจรรยาบรรณในการทดลอง เนื่องจากผลที่เขาต้องการรู้นั้น จะเป็นการเปิดเผยความจริงไม่พึงประสงค์ของธรรมชาติของมนุษย์[11] ส่วนข้อโต้แย้งอื่นๆ จะเป็นเรื่องปัญหาอันร้ายแรงในการทดลองทางวิธีวิทยานี้