การทำเหมืองถ่านหินโดยทั่วไปถ้ามีทางเลือกที่จะทำเหมืองเปิดได้ก็ไม่ควรจะเลือกการทำเหมืองใต้ดิน เพราะการทำเหมืองใต้ดินค่อนข้างอันตราย เนื่องจากในชั้นของถ่านหินจะมีการสะสมตัวของก๊าซที่ไวต่อการติดไฟ เช่น ก๊าซมีเทน เมื่อทำการขุดถ่านก๊าซดังกล่าวจะถูกระบายออกมาสะสมในบริเวณหน้างาน ถ้าเกิดปัญหากับระบบระบายอากาศของการทำเหมืองใต้ดินอาจทำให้เกิดการลุกติดไฟของก๊าซดังกล่าวได้ และอีกสาเหตุคือบริเวณหน้างานการขุดถ่าน จะมีการฟุ้งกระจายของฝุ่นผงถ่าน ถ้าความหนาแน่นของฝุ่นถ่านสะสมตัวถึงจุดที่เหมาะสมกับอุณหภูมิและความดันของอากาศในบริเวณหน้างานจะสามารถทำให้เกิดการระเบิดอย่างรุนแรงขึ้นได้

อย่างไรก็ตามในบางครั้งอาจมีข้อจำกัดที่ทำให้ต้องตัดสินใจเลือกการทำเหมืองถ่านหินแบบเหมืองใต้ดิน ข้อจำกัดที่พอมองเห็นได้เด่นชัดได้แก่

• สายแร่ถ่านหินอยู่ลึกมากจากผิวดินทำให้ไม่สามารถทำเหมืองเปิดได้ เพราะต้องขุดเปิดดินและหินออกจำนวนมากก่อนที่จะถึงชั้นถ่าน ทำให้อัตราส่วนระหว่างดินต่อถ่านที่จะต้องขุดออกสูงมาก ส่งผลให้ค่าใช้จ่ายในการชุดขนดินและถ่านแพงกว่าราคาถ่านที่จะขายได้ จำเป็นต้องเลือกวิธีการทำเหมืองใต้ดินเพื่อลดค่าใช้จ่ายของการเปิดหน้าดิน
• แหล่งแร่ถ่านหินอยู่ใกล้แหล่งชุมชน หรืออยู่ใกล้บริเวณที่มีการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมที่ค่อนข้างเข้มงวดทำให้การทำเหมืองเปิดไม่สามารถควบคุมมลภาวะที่เกิดจากการทำเหมืองให้อยู่ในเกณฑ์มาตรฐานที่กำหนดไว้ค่อนข้างสูงได้ หรืออาจจะต้องเสียค่าใช้จ่ายจำนวนมากในการควบคุมมลภาวะ การเลือกวิธีการทำเหมืองใต้ดินอาจเสียค่าใช้จ่ายต่ำกว่า