การขุดเหมืองในทะเล คือ กระบวนกู้คืนแร่ธาตุที่ทำใต้มหาสมุทร อยู่ที่ความลึก 1,400-3,700 เมตร[1] สถานที่ทำการขุดเหมืองใต้ทะเลโดยมากมักจะมีพื้นที่ที่ใหญ่ โดยแร่ธาตุที่จะสามารถหาได้คือ โคบอลท์ แมงกานีส ทองแดง โดยโคบอลท์นั้นมีความสำคัญอย่างมากต่อโลกเทคโนโลยีในปัจจุบันเพราะเป็นส่วนประกอบสำคัญของแบตเตอรี่พกพาโดยโคบอลท์เป็นโลหะที่ถูกใช้อย่างแพร่หลายทั่วโลกมาจากประเทศคองโก ทำให้มีปัญหาเรื่องของความมั่นคงเกิดช่องว่างอุปสงค์และอุปทาน และเพราะราคาที่สูงขึ้นทำให้นักวิทยาศาสตร์เขื่อว่าการทำเหมืองแร่บนพื้นดินนั้นอาจจะไม่เพียงพอต่อความต้องการและเริ่มที่จะค้นหาแหล่งทรัพยากรใหม่ ๆ นั่นก็คือทะเลลึก แต่กระนั้นการทำเหมืองแร่นั้นส่งผลกระทบอย่างมากต่อระบบนิเวศในท้องทะเลผลกระทบทางตรงที่จะเกิดกับระบบนิเวศน์ในทะเลลึกนั้นคือ สิ่งมีชีวิตที่เกาะติดกับแหล่งสะสมแร่เหล่านี้จะถูกทำลายลง และเกิดการเปลี่ยนแปลงทางกายภาพของสิ่งแวดล้อม มีการทดลองรบกวนระบบนิเวศน์โดยการพลิกตะกอนให้คลุ้งขึ้นมาแล้วติดตามผลที่เกิดขึ้น ผลของงานวิจัยพบว่าสิ่งมีชีวิตเพิ่มขึ้นแต่สายพันธุ์นั้นลดน้อยลง สิ่งมีชีวิตบางสายพันธุ์ไม่ปรากฏกลับมา