เนื่องจากประเทศฝรั่งเศสใช้ระบบการปกครองแบบกึ่งประธานาธิบดี ผู้ชิงตำแหน่งประธานาธิบดีจะต้องได้รับเสียงจากการเลือกตั้งเป็นจำนวนอย่างน้อยกึ่งหนึ่งของผู้มีสิทธิเลือกตั้ง

ประธานาธิบดีสามารถแต่งตั้งนายกรัฐมานตรี ซึ่งโดยกฎหมายไม่สามารถปลดนายกรัฐมนตรีจากตำแหน่งได้ โดยหากนายกรัฐมนตรีมาจากพรรคการเมืองฝ่ายเดียวกัน ประธานาธิบดีสามารถเจรจาให้นายกรัฐมนตรีลาออกได้ ประธานาธิบดียังมีอำนาจแต่งตั้งคณะรัฐมนตรี และเลขาธิการรัฐมนตรี โดยเมื่อพรรคการเมืองเสียงข้างมากในรัฐสภาเป็นของประธานาธิบดี ทำให้ประธานาธิบดีมีอำนาจเต็มที่ในการบริหารและควบคุมการทำงานของรัฐบาลตามนโยบายของประธานาธิบดี โดยในทุกสมัยแม้ในพรรคการเมืองเดียวกัน ก็ยังมีความเห็นต่างกัน

อย่างไรก็ตาม เมื่อประธานาธิบดีไม่ได้รับการสนับสนุนจากเสียงข้างมากในรัฐสภา (ต่างขั้วการเมืองกัน) จะทำให้อำนาจในการบริหารลดลงไปมาก เนื่องด้วยประธานาธิบดีจะต้องแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรีตามเสียงข้างมากในรัฐสภา ซึ่งมักจะทำงานตามพรรคเสียงข้างมากในรัฐสภา ในกรณีนี้ประธานาธิบดีสามารถจะใช้อำนาจยุบสภาเพื่อเลือกตั้งใหม่เพื่อเป็นการคานอำนาจการต่อรอง โดยจะมีการแบ่งอำนาจกันระหว่างสองขั้ว คือระหว่างประธานาธิบดีกับนายกรัฐมนตรี หรือที่เรียกว่า "Cohabitation" ในช่วงก่อนปีค.ศ.2002 ได้พบเหตุการณ์เช่นนี้บ่อย ย่อมทำให้การบริหารประเทศเป็นไปอย่างลำบาก ความขัดแย้งระหว่างรัฐบาลกับประธานาธิบดีมีค่อนข้างมาก ดังปรากฏให้เห็นในปี 1997-2002 ที่ประธานาธิบดี Jacques Chirac เป็นฝ่ายขวา ในขณะที่นายกรัฐมนตรี Lionel Jospin รัฐบาลและเสียงข้างมากในสภาผู้แทนราษฎรเป็นฝ่ายซ้าย ตั้งแต่การแก้ไขรัฐธรรมนูญในปีค.ศ.2000 เพื่อลดระยะเวลาการดำรงตำแหน่งของประธานาธิบดีจาก 7 ปีเหลือแค่ 5 ปี เพื่อให้สอดคล้องกับอายุของสภาผู้แทนราษฎร จึงทำให้ลดโอกาสที่จะเกิดเหตุการณ์ "Cohabitation" ขึ้น

รัฐบาล

รัฐบาลภายใต้การนำของประธานาธิบดี มีหน้าที่โดยตรงในการบริหารราชการ และกองทัพ (ในประเทศฝรั่งเศส จะใช้คำว่า "gouvernement" เพื่อหมายถึงคณะรัฐมนตรี หรือคณะรัฐบาลโดยรวม ซึ่งคล้ายกับการใช้คำว่า "cabinet" ซึ่งไม่พบเห็นการใช้คำนี้เรียก)

รัฐบาลจะต้องรายงานต่อรัฐสภา โดยสภาผู้แทนราษฎรสามารถขอยื่นอภิปรายไม่ไว้วางใจเพื่อถอดถอนคณะรัฐมนตรี ในทางปฏิบัติเพื่อผลักดันให้รัฐบาลจะต้องแต่งตั้งคณะรัฐมนตรีตามเสียงข้างมากในสภา รัฐมนตรีจะต้องตอบกระทู้จากสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร โดยวาจาและลายลักษณ์อักษร ซึ่งเรียกว่า "questions au gouvernement" นอกจากนั้น รัฐมนตรีที่เกี่ยวข้องกับหัวข้ออภิปราย จะต้องเข้าร่วมประชุมสภาเพื่อตอบคำถามต่อสมาชิกรัฐสภา

คณะรัฐมนตรีกระทรวงต่าง ๆ ไม่สามารถออกกฎหมายได้โดยไม่ผ่านความเห็นชอบจากรัฐสภา แต่รัฐมนตรีสามารถออกกฎข้อบังคับ หรือพระราชกฤษฎีกา (décrets d'application) ได้โดยอาศัยอำนาจตามรัฐธรรมนูญ และร่างพระราชกฤษฎีกานั้น จะต้องไม่ขัดต่อรัฐธรรมนูญ อย่างไรก็ตามรัฐมนตรีสามารถเสนอยกร่างกฎหมายได้ต่อรัฐสภา โดยส่วนมากเสียงข้างมากในสภามักเป็นของคณะรัฐมนตรี ร่างกฎหมายเหล่านี้จึงมักจะผ่านการเห็นชอบจากรัฐสภา อย่างไรก็ตาม ในหลายกรณีที่ความเห็นข้างมากในสภา แตกต่างกันกับฝ่ายบริหารอย่างสิ้นเชิง ซึ่งจะทำให้เกิดแก้ไขร่างฯอยู่เสมอ

นายกรัฐมนตรีจะต้องแสดงความรับผิดชอบต่อสภาผู้แทนราษฎรสำหรับการลงมติรับร่างกฎหมาย ภายใต้รัฐธรรมนูญมาตรา 49-3 กฎหมายจะถือว่ามีผลบังคับใช้เว้นแต่สภาผู้แทนราษฎรจะยื่นเสนอญัตติการอภิปรายไม่ไว้วางใจ ถ้าญัตติการอภิปรายไม่ไว้วางใจได้รับความเห็นชอบจากสภา นายกรัฐมนตรีต้องลาออกจากตำแหน่งและถือว่าร่างกฎหมายที่รัฐบาลแสดงความรับผิดชอบนั้นตกไป

ในคณะรัฐมนตรีประกอบไปด้วยสมาชิก 3 ระดับด้วยกัน มีรัฐมนตรีว่าการ (ministres) เป็นผู้มีอาวุโสที่สุดในคณะรัฐมนตรี และรัฐมนตรีช่วยว่าการ (ministres délégués) มีหน้าที่ช่วยรัฐมนตรีดูแลงานในกำกับ และเลขานุการรัฐมนตรี (secrétaires d'État) ช่วยกำกับดูแลงานส่วนที่สำคัญรองลงไป และจะต้องเข้าร่วมประชุมรัฐบาลเป็นบางครั้งเท่านั้น โดยในยุคก่อนหน้าสาธารณรัฐฝรั่งเศสที่ 5 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสำคัญต่าง ๆ จะถูกเรียกว่า "มีนิสทร์เดตา" (ministres d'État หรือ secretary of state) ซึ่งยังคงใช้เรียกรัฐมนตรีในกระทรวงสำคัญอย่างลำลองมาถึงปัจจุบัน

จำนวนกระทรวง และบทบาทความรับผิดชอบของรัฐมนตรีจะแตกต่างกันในแต่ละรัฐบาล โดยมักจะเรียกชื่อต่างกันไปตามลักษณะงานที่ดูแลรับผิดชอบ อาทิเช่น

• กระทรวงเศรษฐกิจ การคลังและอุตสาหกรรม
• กระทรวงมหาดไทย
• กระทรวงยุติธรรม
• กระทรวงศึกษาธิการแห่งชาติ
• กระทรวงกลาโหม
• กระทรวงการต่างประเทศและยุโรป
• กระทรวงคมนาคม ซึ่งล่าสุดได้ถูผนวกเข้ากับกระทรวงสิ่งแวดล้อม พลังงาน การพัฒนาอย่างยั่งยืน คมนาคม และที่อยู่อาศัย

คณะรัฐมนตรีจะมีประชุมประจำสัปดาห์ทุกวันพุธ ซึ่งมีประธานาธิบดีเป็นประธานการประชุม ณ พระราชวังเอลีเซ