การประทับตราทางพันธุกรรม (อังกฤษ: genetic imprinting, genomic imprinting) เป็นปรากฏการณ์ทางพันธุศาสตร์อย่างหนึ่งซึ่งยีนหนึ่งๆ จะแสดงออกเฉพาะเมื่อได้รับมาจากพ่อหรือแม่เท่านั้น ถือเป็นกระบวนการทางการถ่ายทอดลักษณะทางพันธุกรรมซึ่งเป็นอิสระจากกฎการถ่ายทอดพันธุกรรมของเมนเดล ยีนที่ถูกประทับตราจะแสดงออกก็ต่อเมื่ออัลลีล (allele) นั้นๆ ได้รับมาจากแม่ (เช่น H19 หรือ CDNK1C) หรือพ่อ (เช่น IGF-2) เท่านั้น ลักษณะของการประทับตราทางพันธุกรรมเช่นนี้พบได้ในแมลง สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม และพืชมีดอกการประทับตราทางพันธุกรรมเป็นกระบวนการเหนือพันธุกรรม (epigenetic) ที่มีการเติมหมู่เมธิล (methylation) และการเปลี่ยนแปลงหมู่ฮิสโตน (histone modification) เพื่อให้เกิดมีการแสดงออกของยีนเพียงอัลลีลเดียว (monoallelic gene expression) โดยไม่มีการเปลี่ยนแปลงลำดับของสารพันธุกรรม การระบุตำแหน่งเหนือพันธุกรรมเช่นนี้เกิดขึ้นตั้งแต่เป็นเซลล์ต้นกำเนิด (germline) และจะคงอยู่ในทุกเซลล์ของสิ่งมีชีวิตนั้นๆ ที่เป็นเซลล์โซมาติกการควบคุมการแสดงออกอย่างเหมาะสมของยีนที่ถูกประทับตรามีความสำคัญต่อการพัฒนาปกติ มีโรคพันธุกรรมหลายโรคที่เกี่ยวข้องกับการเกิดความผิดปกติในกระบวนการประทับตราทางพันธุกรรม เช่น Beckwith-Wiedemann syndrome, Silver-Russell syndrome, Angelman syndrome และ Prader-Willi syndrome เป็นต้น