การรถไฟมาลายาให้บริการเส้นทางรถไฟเฉพาะมาเลเซียตะวันตกเท่านั้น ใช้รางขนาด 1,000 มม. (3 ฟุต 3 3⁄8 นิ้ว) มีสายหลัก 2 สายใหญ่ ได้แก่

สายชายฝั่งทะเลตะวันตก

สายชายฝั่งทะเลตะวันตก เริ่มต้นจากสถานีรถไฟปาดังเบซาร์ รัฐปะลิส (บนพรมแดนไทย-มาเลเซีย) มุ่งหน้าลงใต้สิ้นสุดที่จุดผ่านรถไฟวุดแลนส์ ประเทศสิงคโปร์ สถานีรถไฟรายทางที่สำคัญได้แก่ สถานีรถไฟเซ็นทรัลกัวลาลัมเปอร์ กัวลาลัมเปอร์ กับสถานีรถไฟบัตเตอร์เวอร์ธ รัฐปีนัง ปัจจุบันติดตั้งระบบจ่ายไฟฟ้าเหนือหัว เสร็จสิ้นแล้วและเป็นทางคู่

สายชายฝั่งทะเลตะวันออก

สายชายฝั่งทะเลตะวันออก ระบบรถไฟยังไม่ทันสมัยเหมือนฝั่งตะวันตก วิ่งจากสถานีรถไฟเกอมัซ รัฐเนอเกอรีเซิมบีลัน ไปยังสถานีรถไฟตุมปัต รัฐกลันตัน แนวเส้นทางส่วนใหญ่จะลัดเลาะเข้าไปในป่า จึงได้ฉายาว่า ทางรถไฟสายป่ารก ส่วนรัฐตรังกานู เป็นเพียงรัฐเดียวในมาเลเซียตะวันตกที่ไม่มีรถไฟผ่าน