มิถุนายน ค.ศ. 1281 กองเรือมองโกลแบ่งออกเป็นสองกองเรือ กองเรือแรกประกอบด้วยเรือรบ 900 ลำที่มีกำลังพลมองโกล จีน และเกาหลี ราว 40,000 นาย ส่วนกองเรือที่สองจากจีนตอนใต้นั้นประกอบด้วยเรือรบ 3,500 ลำที่มีกำลังพลราว 100,000 นาย เดิมแผนการของมองโกลคือการรวมกลุ่มเรือรบและโจมตีอย่างประสานงานกัน แต่เนื่องด้วยกองเรือหลักของจีนนั้นล่าช้าจากการจัดเตรียมกองเรือและทหารจำนวนมหาศาล กองเรือจากเกาหลีจึงลงมือก่อนและก็ประสบกับความสูญเสียอย่างหนักที่เกาะสึชิมะจนต้องสั่งถอยทัพ ต่อมาในฤดูร้อน กองเรือเกาหลีและจีนก็สามารถยึดเกาะอิกิได้สำเร็จ และเข้าโจมตีเกาะคีวชู ที่เรียกว่า "การรบที่โคอัง" (弘安の役 Kōan noeki) หรือ "ศึกครั้งที่สองแห่งหาดฮากาตะ" แต่จากการรับมือที่ดีพร้อมของญี่ปุ่น ทำให้กองกำลังของมองโกลถูกผลักดันกลับไปที่เรือของเขา กองทัพของญี่ปุ่นซึ่งมีจำนวนมากกว่าอย่างมากได้เสริมกำลังตามแนวชายฝั่งนั้นสามารถที่จะป้องกันกองหนุนของมองโกลได้อย่างง่ายดาย จนกระทั่งวันที่ 15 สิงหาคม พายุไต้ฝุ่นคามิกาเซะก็ได้พัดเข้าสู่ชายฝั่งของคีวชูเป็นเวลาถึงสองวัน ทำลายกองเรือของมองโกลพินาศไปเกือบทั้งหมด [5] ทหารมองโกลและพันธมิตรเสียชีวิตกลางทะเลมากกว่าแสนนาย

สาเหตุส่วนหนึ่งที่กองเรือของมองโกลและพันธมิตรอับปางลงจากพายุนั้น มาจากการที่โครยอและจีนเร่งรีบในการต่อเรือเกินไป ประกอบกับเรือแบบโครยอและซ่งใต้ซึ่งมีลักษณะที่เอื้ออำนวยในการออกทะเลมากกว่านั้นมีค่าบำรุงรักษาและค่าใช้จ่ายสูงเกินไป ดังนั้นจึงต้องต่อเรือแบบเดิมกับการรุกรานครั้งแรกขึ้น[6] ซึ่งมีท้องเรือที่แบนราบ (เรือเดินสมุทรโดยทั่วไปจะมีกระดูกงูโค้งเพื่อป้องกันการล่ม) เป็นเรื่องยากที่จะใช้เรือลักษณะดังกล่าวในทะเลที่มีพายุไต้ฝุ่น